R语言：识别DFA独有的ID3并合并两数据框（仅保留共同ID3）

核心问题定位 #

你的代码里有个关键错误：所有用到ID2的地方都应该是ID3——你自己也提到是代码误写，这直接导致anti_join没按正确的ID列匹配，自然出不来正确结果。另外，ID3存在重复行的情况，也需要针对性处理。

需求1：找出DFA中存在但DFB中没有的ID3 #

如果要的是去重后的ID集合（而非包含重复行的原始数据），代码如下：

# 获取两个数据框中去重的ID3集合
dfa_ids <- unique(DFA$ID3)
dfb_ids <- unique(DFB$ID3)

# 筛选DFA有但DFB没有的ID3
different_ids <- dfa_ids[!dfa_ids %in% dfb_ids]

如果要保留这些ID在DFA中的所有原始行（包括重复行），修正anti_join即可：

# 注意by参数改为正确的"ID3"
different_id_rows <- anti_join(DFA, DFB, by = "ID3")
# 提取去重后的ID可加这一步：
different_ids <- unique(different_id_rows$ID3)

需求2：合并两个数据框，仅保留共有的ID3 #

用inner_join就能直接实现——它只保留两个数据框中ID匹配的行，自动整合所有列：

# 显式指定by参数确保匹配准确，避免同名列干扰
merged_df <- inner_join(DFA, DFB, by = "ID3")

如果担心重复行导致合并后冗余（比如DFA中同一ID3有多行，DFB中同ID3也有多行，会生成笛卡尔积），可以先对两个数据框按ID3去重再合并：

# 按ID3去重，保留每个ID3的第一行（可根据需求调整保留逻辑）
dfa_unique <- DFA %>% distinct(ID3, .keep_all = TRUE)
dfb_unique <- DFB %>% distinct(ID3, .keep_all = TRUE)

# 合并去重后的数据集
merged_unique_df <- inner_join(dfa_unique, dfb_unique, by = "ID3")

你的原始代码修正版 #

如果要沿用你原来的思路，只需把所有ID2替换为ID3：

DIFFERENT_IDS <- anti_join(DFA, DFB, by = "ID3")
my_ID3_N <- as.vector(unlist(DIFFERENT_IDS$ID3))
DFA1 <- DFA[!(DFA$ID3 %in% my_ID3_N),]
# 此时DFA1就是DFA中与DFB共有的ID3对应的行

内容的提问来源于stack exchange，提问作者S2068