Java调用R脚本无法生成JSON文件，直接运行R脚本正常

我尝试通过Java程序执行R脚本，但脚本中需生成的JSON文件未成功生成；但直接在R环境中运行该脚本时，JSON文件可正常生成。

使用环境：R Version 4.2.3、Ubuntu 20.04.6

Java程序 #

package com.demo;

import org.rosuda.JRI.Rengine;

public class R {

    public static void main(String[] args) {
        System.out.println("Start");
        Rengine r = new Rengine(new String[] {"--vanilla"}, false, null);
        r.eval("source(\"/home/ubuntu20/Documents/RProjectCheck/Sample.r\")");
        System.out.println("Done");
    }
    
}

R脚本（Sample.r） #

attach(iris)

c5func<-function()
{

    myTryCatch <- function(expr) {
    warn <- err <- NULL
    value <- withCallingHandlers(
    tryCatch(expr, error=function(e) {
    err <<- e
     NULL
    }), warning=function(w) {
    warn <<- w
    invokeRestart("muffleWarning")
    })
    list(value=value, warning=warn, error=err)
    }
    
    depvar<-"Species"
    model<-C50::C5.0(Species ~ Sepal.Length+Sepal.Width+Petal.Length+Petal.Width, data=iris ,trials=1, rules=TRUE, 
    control=C50::C5.0Control(subset=FALSE, winnow=FALSE, noGlobalPruning=TRUE, CF=0.25, minCases=2))
    model
    library(caret)
    confmatcode<-paste("confusionMatrix(predict(model, type='class', iris),",depvar,")",collapse="", sep="")
    
    if(is.null(myTryCatch(eval(parse(text=confmatcode)))$error))
    {
        confmattrain<-eval(parse(text=confmatcode))
        write(jsonlite::serializeJSON(confmattrain), file="/home/ubuntu20/Documents/RProjectCheck/GeneratedFiles/ConfusionMatrix.json")
    }
}

c5func()
rm(list=ls())
gc()

可能的原因及解决思路 #

• 权限问题：Java进程运行用户可能没有目标目录/home/ubuntu20/Documents/RProjectCheck/GeneratedFiles/的写入权限。直接运行R时用的是当前用户，而Java可能以其他用户身份执行（如服务用户）。可以通过ls -l /home/ubuntu20/Documents/RProjectCheck/GeneratedFiles/查看权限，或在R脚本中添加print(Sys.info()["user"])对比两种执行方式的用户差异，必要时调整目录权限。
• 依赖包加载异常：--vanilla参数会禁用R的启动配置，可能导致包加载路径异常。直接运行R时的默认配置可能自动加载了依赖，而Java调用时缺失。可以去掉--vanilla参数测试，或在R脚本开头显式检查并加载依赖，比如在library(caret)前添加if (!requireNamespace("caret", quietly = TRUE)) stop("需要安装caret包")。
• 错误未被暴露：脚本中的myTryCatch捕获了错误但未输出，可能confmatcode执行出错导致未进入JSON写入分支。可以在if的else分支添加print(myTryCatch(eval(parse(text=confmatcode)))$error)，或在Java中调用r.getLastError()获取R的错误信息，排查具体执行故障。
• R引擎初始化问题：确保Rengine成功启动，可在Java代码中添加判断：

  if (!r.waitForR()) {
      System.out.println("R引擎启动失败");
      return;
  }
  

  避免在引擎未就绪时执行脚本。
• 工作目录差异：Java调用R时的工作目录可能与直接运行R时不同，可在R脚本开头添加setwd("/home/ubuntu20/Documents/RProjectCheck/")固定工作目录，或打印getwd()确认路径是否正确。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者user2664380