R语言中合并多份data.frame并保留主表未匹配行的问题

你的问题出在merge()函数仅支持两两合并，直接传入三个data.frame会导致逻辑错误，无法实现预期的左连接效果。以下是两种可靠的解决方法：

基础R分步合并法 #

通过两次调用merge()完成合并，全程保留A的所有行：

# 第一步：合并A与B，保留A的全部ID
merge_ab <- merge(A, B, by = "ID", all.x = TRUE)
# 第二步：将合并结果与C合并，保留原A的全部ID并按ID排序
final_data <- merge(merge_ab, C, by = "ID", all.x = TRUE, sort = TRUE)

dplyr 简洁实现法 #

如果使用tidyverse生态的dplyr包，left_join()可以更直观地完成左连接，配合管道符串联操作：

# 若未安装dplyr，先执行 install.packages("dplyr")
library(dplyr)

final_data <- A %>%
  left_join(B, by = "ID") %>%  # 左连接A和B，保留A的所有行
  left_join(C, by = "ID") %>%  # 继续左连接C，保留原A的所有行
  arrange(ID)  # 按ID排序

两种方法都会保留A中所有ID，即使该ID在B或C中无匹配项，对应列会填充为NA，最终结果按ID有序排列。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者jsaab