如何用ncks从netCDF文件提取以Var_开头的指定变量？

要实现用ncks提取time、lon、lat以及所有以Var_开头的变量，不能直接用Var_*（这是shell文件通配符，而非netCDF变量名通配符），需要先获取符合条件的变量列表，再传入ncks：

1. 获取目标变量列表
   用ncks自带的变量名输出功能，结合grep筛选出所有以Var_开头的变量：

var_list=$(ncks -s '%N\n' input.nc | grep '^Var_')

这里-s '%N\n'让ncks每行输出一个变量名，grep '^Var_'只保留以Var_开头的变量。

2. 拼接变量字符串
   把筛选出的变量转换成逗号分隔的格式，再和固定变量time、lon、lat拼接：

var_str=$(echo "$var_list" | paste -sd ',' -)
full_vars="time,lon,lat,$var_str"

3. 执行ncks提取
   将拼接好的变量列表传入ncks的-v参数：

ncks -C -v "$full_vars" input.nc output.nc

完整bash脚本示例 #

#!/bin/bash
# 定义输入输出文件
input_file="input.nc"
output_file="output.nc"

# 获取Var_开头的变量列表并格式化
var_list=$(ncks -s '%N\n' "$input_file" | grep '^Var_')
var_str=$(echo "$var_list" | paste -sd ',' -)

# 处理无Var_开头变量的情况，避免多余逗号
if [ -n "$var_str" ]; then
    full_vars="time,lon,lat,$var_str"
else
    full_vars="time,lon,lat"
fi

# 执行提取
ncks -C -v "$full_vars" "$input_file" "$output_file"

补充说明 #

原命令中Var_*失效的原因：这是shell的文件通配符，只有当前目录存在匹配的文件时才会展开，否则会原样传给ncks，而ncks不支持这种通配符语法，导致无法正确筛选变量。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者I.M.