Ubuntu系统下R语言terra包project函数核心转储问题求助

问题描述 #

在R 4.3.0版本中使用terra v1.7-29的project()函数时，终端与RStudio均出现程序崩溃，terra包安装过程无报错。执行投影转换操作时，触发以下内存错误：

free(): double free detected in tcache 2
Aborted (core dumped)

可复现代码 #

library(terra)

# 定义投影
pt.proj <- " +proj=longlat +datum=WGS84"
calc.proj <- 
  " +proj=aea + lat_1=14.5 + lat_2=32.5 + lat_0=24.0 + lon_0=-105 +x_0=0 +y_0=0 + ellps =GRS80 +datum=NAD83 + units=m +no_defs"

# 创建空间矢量对象
ids <- c("id00041130", "id00043728", "id00032757", "id00035604")
spp <- rep("Quercus_aerea", 4)
lats <- c(27.4, 25.1, 26.9, 28.2)
longs <- c(-108, -106, -107, -107)
spat_points <- cbind.data.frame(ids, spp, lats, longs)
spat_vect <- vect(spat_points, geom=c("longs", "lats"), crs=pt.proj, keepgeom=FALSE)

# 触发崩溃的投影操作
spat_vect.calc <- project(spat_vect, calc.proj)

环境信息 #

R会话信息 #

> sessionInfo()
R version 4.3.0 (2023-04-21)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 18.04.6 LTS

Matrix products: default
BLAS:   /usr/lib/x86_64-linux-gnu/atlas/libblas.so.3.10.3 
LAPACK: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/atlas/liblapack.so.3.10.3;  LAPACK version 3.7.1

系统依赖版本 #

> sf::sf_extSoftVersion()
          GEOS           GDAL         proj.4 
       "3.6.2"        "2.2.3"        "4.9.3" 
GDAL_with_GEOS     USE_PROJ_H           PROJ 
        "true"        "false"        "4.9.3"

排查方向与诊断建议 #

• 修正投影字符串格式：proj4字符串要求参数与值之间无空格，参数前的+号后也不能有空格。将calc.proj中的错误格式（如+ ellps =GRS80）修正为+ellps=GRS80，去除所有多余空格后重新测试。
• 升级系统依赖库：当前proj 4.9.3、GDAL 2.2.3版本较老旧，内存管理逻辑存在缺陷的概率较高。建议升级proj至6.x及以上版本、GDAL至3.x版本，再重新安装terra包。
• 调整terra包版本：尝试降级至terra v1.7-28或升级至最新稳定版，排查是否为特定版本的已知bug。
• 测试简化用例：使用单个点或内置空间对象（如vect(cbind(0,0), crs=pt.proj)）测试project()，排除数据格式或内容导致的问题。
• 更换线性代数库：当前使用的atlas库可能与R 4.3.0或terra存在兼容性问题，尝试切换为openblas库并重新启动R测试。
• 从源码编译terra：通过源码编译terra包，确保编译过程链接的是本地升级后的proj、GDAL等依赖库，而非预编译包中的旧版本依赖。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者akoontz11