自定义函数在lidR包部分函数中失效，pixel_metrics报错找不到函数

问题背景 #

个人开发的R包中包含适配lidR的自定义函数，参考lidR作者的写法，将my_metrics封装为公式形式的简写.my_metrics，定义如下：

#' @rdname my_metrics
#' @export
.my_metrics = ~my_metrics(X, Y, Z, ReturnNumber, Classification, ScanAngleRank, ht_slice=1, ht_max=NULL, min_pts=0, sar_thr=NULL)

使用catalog_apply调用cloud_metrics时该函数正常工作：

ads = clip_roi(ctg, shp, radius=shp$plot_rad)
opt_chunk_buffer(ads) <- 0
opt_chunk_size(ads) <- 0
opt_output_files(ads) <- ""

metrics = catalog_apply(ads, cloud_metrics, func = .my_metrics)

但调用pixel_metrics时却报错cannot find function "my_metrics"，只有将my_metrics手动加载到全局环境才能正常执行：

r = pixel_metrics(ctg, .my_metrics, res = gridRes)
# 错误: cannot find function "my_metrics"

已在包的DESCRIPTION文件的Depends部分添加lidR、terra、sf等依赖包。

原因分析 #

确实是catalog_apply与pixel_metrics的自定义函数解析机制存在差异：

• catalog_apply执行时会继承调用时的环境（即你的R包命名空间环境），因此能正确找到包内定义的my_metrics函数。
• pixel_metrics处理公式形式的参数时，默认会在全局环境中查找公式内引用的函数，而非包的命名空间环境。当my_metrics仅存在于包内部时，全局环境无法定位到该函数，从而触发报错。

解决方案 #

方法1：显式指定函数的命名空间 #

修改.my_metrics的定义，在my_metrics前加上你的包名，强制公式从包的命名空间中查找函数：

#' @rdname my_metrics
#' @export
.my_metrics = ~你的包名::my_metrics(X, Y, Z, ReturnNumber, Classification, ScanAngleRank, ht_slice=1, ht_max=NULL, min_pts=0, sar_thr=NULL)

这种方式直接且不会污染全局环境，是推荐的解决方案。

方法2：绑定公式的执行环境 #

创建公式时明确指定其执行环境为你的包命名空间，确保pixel_metrics能在正确环境中查找函数：

#' @rdname my_metrics
#' @export
.my_metrics = as.formula(
  "~my_metrics(X, Y, Z, ReturnNumber, Classification, ScanAngleRank, ht_slice=1, ht_max=NULL, min_pts=0, sar_thr=NULL)",
  env = asNamespace("你的包名")
)

该方式让公式的执行环境绑定到包的命名空间，避免依赖全局环境查找。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Nico