Ubuntu20.04下mamba创建R环境后RStudio报GLIBCXX_3.4.30缺失求助

针对激活Mamba环境后启动RStudio时出现的GLIBCXX_3.4.30 not found错误，以下是几种可行的解决方法：

方法1：启动RStudio时强制加载环境内的libstdc++.so.6 #

激活目标环境后，通过LD_PRELOAD让RStudio优先使用环境内兼容的库文件：

1. 定位环境内的libstdc++.so.6路径：

   find $HOME/mambaforge/envs/myenv -name libstdc++.so.6
   

2. 直接用以下命令启动RStudio：

   LD_PRELOAD=$(find $HOME/mambaforge/envs/myenv -name libstdc++.so.6) rstudio
   

3. 为了方便使用，可以将命令写成别名：

   echo 'alias rstudio_myenv="LD_PRELOAD=$(find $HOME/mambaforge/envs/myenv -name libstdc++.so.6) rstudio"' >> ~/.bashrc
   source ~/.bashrc
   

之后激活myenv环境后，直接输入rstudio_myenv即可启动RStudio。

方法2：在环境内安装RStudio Server替代桌面版 #

完全在Mamba环境内运行RStudio，避免系统库的冲突：

1. 激活myenv环境：

   mamba activate myenv
   

2. 安装RStudio Server：

   mamba install -c conda-forge rstudio-server
   

3. 启动服务：

   rstudio-server start
   

4. 在浏览器中访问http://localhost:8787，使用系统用户名和密码登录即可使用环境内的R环境。

方法3：重新构建兼容系统GLIBC版本的环境 #

创建环境时强制指定与Ubuntu 20.04兼容的libstdcxx-ng版本（对应系统GLIBCXX_3.4.29）：

mamba create -n myenv_new -c conda-forge -c bioconda r-seurat=4* "bioconductor-genomeinfodbdata=1.2.7" bioconductor-deseq2 libstdcxx-ng=9.3.0

注意：部分依赖高版本GLIBCXX的包可能会出现版本冲突，需要根据Mamba的求解提示调整包版本。

方法4：替换系统libstdc++.so.6软链接（谨慎操作） #

此方法会修改系统库，可能影响其他依赖旧版本GLIBCXX的程序，操作前务必备份：

1. 备份系统原库文件：

   sudo cp /lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6 /lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6.bak
   

2. 复制Mamba环境内的高版本库文件到系统目录：

   sudo cp $HOME/mambaforge/envs/myenv/lib/libstdc++.so.6.0.30 /lib/x86_64-linux-gnu/
   

3. 更新软链接指向新库：

   sudo ln -sf /lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6.0.30 /lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6
   

如果后续出现系统程序异常，可以恢复备份：

sudo ln -sf /lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6.bak /lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Zeke