ggplot绘制重复测量折线图报错：geom_line每组仅一个观测值

1. 因子水平设错了（X轴显示N/A的根源） #

你之前把variable列转成因子时，错把levels设成了c(1,2)，但melt之后variable列的原始值是"Baseline"和"Six_months"，根本不是数字1、2，这直接导致所有值都变成了NA，所以X轴才显示N/A。

修正代码：

# 按原始值设置因子水平，保证顺序是Baseline在前，Six_months在后
textMessagesLong$variable <- factor(textMessagesLong$variable, 
                                   levels = c("Baseline", "Six_months"))

2. 折线绘制的参数用错了 #

你用mean_cl_boot搭配geom="line"不合适，mean_cl_boot是用来生成带置信区间的统计结果（返回均值、置信上下限），而画折线只需要连接两个时间点的均值，直接用fun=mean就行。另外要确保group=Group的映射正确，不然ggplot不知道该怎么分组连线。

修正后的绘图代码：

library(ggplot2)
library(reshape2) # 用来做melt
library(Hmisc)    # 要用到mean_cl_boot的话得装这个包

textMessagesLine <- ggplot(textMessagesLong, aes(x = variable, y = value, color = Group))
textMessagesLine +
  # 画均值点，调大一点看得清楚
  stat_summary(fun = mean, geom = "point", size = 3) +
  # 画连接均值的折线，指定group=Group让每组的两个点连起来
  stat_summary(fun = mean, geom = "line", aes(group = Group), linewidth = 1) +
  # 可选：加个置信区间，用errorbar显示
  stat_summary(fun.data = mean_cl_boot, geom = "errorbar", width = 0.1) +
  # 改下标签更直观
  labs(x = "时间点", y = "语法测试得分", color = "组别") +
  theme_bw()

3. 重复测量折线图的注意点 #

对于这种重复测量的设计，核心是先把数据转成正确的长格式（每个被试每个时间点一行），然后注意这两点：

• 时间变量要设成有序因子，保证X轴按干预前、干预后的顺序显示，不会乱
• 用group=Group指定折线的分组逻辑（如果要画个体趋势就用group=Subject，但你要的是组均值，group=Group就够）
• 必须用stat_summary来聚合组内均值，别直接画原始数据的折线，不然会乱成一团，也不是你要的趋势

完整跑通的代码示例 #

# 先装需要的包
library(reshape2)
library(ggplot2)
library(Hmisc)

# 读数据转长格式
textMessages <- read.delim("http://www.discoveringstatistics.com/docs/ds_data_files/R%20Data%20Files/TextMessages.dat", header = TRUE)
textMessagesLong <- melt(textMessages, id = "Group", measured = c("Baseline", "Six_months"))

# 正确设置时间因子的顺序
textMessagesLong$variable <- factor(textMessagesLong$variable, 
                                   levels = c("Baseline", "Six_months"))

# 画图
ggplot(textMessagesLong, aes(x = variable, y = value, color = Group)) +
  stat_summary(fun = mean, geom = "line", aes(group = Group), linewidth = 1) +
  stat_summary(fun = mean, geom = "point", size = 3) +
  stat_summary(fun.data = mean_cl_boot, geom = "errorbar", width = 0.1) +
  labs(x = "干预阶段", y = "语法测试得分", color = "组别") +
  # 自定义颜色，看着更舒服
  scale_color_manual(values = c("Controls" = "#1f77b4", "Text Messagers" = "#ff7f0e")) +
  theme_bw()

这样就能得到你想要的：两组分别在基线和6个月后的均值点连线，还能看到置信区间。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者user21767262