合并R语言DataFrame时生成多余NA行？求解决方法

原因分析 #

你遇到的问题根源出在merge函数的默认行为和R数据框的下标访问规则：

1. merge(control, counts, by=0) 里的by=0等价于按行名（row.names）执行内连接（inner join）——内连接只保留两个数据框中存在共同行名的行。由于你的两个数据框没有任何共同行名，这一步得到的是0行的空数据框。
2. 后续的行名赋值和删列操作后，merged仍然是空数据框。
3. 当你尝试访问merged['NA',]时，R的默认逻辑是：如果查询的行名不存在，会返回一行全为NA的结果（仅查询时），若为赋值操作则直接添加该行，且默认不会触发下标越界错误（仅会抛出警告，除非开启严格模式）。你看到的全NA的'NA'行，是R动态生成的，并非合并操作直接产出的。

修复方案 #

根据你的需求（按行名合并），分两种场景处理：

场景1：横向合并（对齐行名，保留所有行，无匹配列填NA） #

这应该是你真正想要的“按行名合并”——把两个数据框的列拼接在一起，行名相同的行对应，不同的行补NA。需要给merge添加all=TRUE参数，改为全连接（full join）：

# 按行名全连接，保留所有行
merged <- merge(control, counts, by = "row.names", all = TRUE)
# 重新设置行名并删除临时的Row.names列
rownames(merged) <- merged[, 1]
merged <- merged[, -1]

场景2：纵向合并（直接堆叠行，忽略行名） #

如果你的实际需求是把两个数据框的行堆在一起（不管行名），则应该用rbind而非merge，前提是两个数据框列名一致：

# 列名一致时直接堆叠
merged <- rbind(control, counts)

# 列名不一致时，先对齐列名（以control的列为准）
merged <- rbind(control, counts[colnames(control)])

额外提示：避免误生成NA行 #

如果想禁止R自动生成不存在的行，可以开启警告转错误的设置：

options(warn = 2)

此时再访问不存在的行名，会直接抛出错误，而非返回NA行。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者UnadulteratedImagination