rgl中3D散点图文本与椭球颜色失效及轴刻度移除问题

一、颜色不生效的原因及修复 #

你的代码中colors[sp]的索引方式错误：sp是物种名称（字符串），而colors是按顺序对应物种水平的向量，用字符串索引会返回NA，导致rgl使用默认颜色（椭球灰色、文本白色）。

修复方式： #

在循环中，通过which(levels(peng$species) == sp)获取物种对应的整数位置，用该索引取颜色值。

二、移除坐标轴刻度的方法 #

先通过plot3d关闭默认坐标轴，再手动添加不带刻度的坐标轴即可。

修改后的完整代码 #

#' ---
#' title: Penguins data with 3D ellipsoids
#' ---

library(ggplot2)
library(dplyr)
library(tidyr)
library(rgl)
library(stringr) # 补充加载依赖包

data(penguins, package = "palmerpenguins")

penguins <- penguins |>
  drop_na()

#' Select variables
peng <- penguins |>
  select(species, starts_with("bill"), body_mass_g) |>
  rename_with(~ stringr::str_remove(., '_mm$|_g$'))

str(peng)

shapes <- c(15, 17, 18)
colors <- rainbow(3)

colMax <- function(data) sapply(data, max, na.rm = TRUE)

open3d()
par3d(windowRect = c(0, 0, 800, 800) + 50)
rgl.bringtotop()

# 关闭默认坐标轴，手动添加无刻度轴
plot3d(peng[,-1], type = "n", axes = FALSE)
axis3d("x", tick = FALSE)
axis3d("y", tick = FALSE)
axis3d("z", tick = FALSE)

pch3d(peng[,-1],
      pch = shapes[peng$species],
      col = adjustcolor(colors[peng$species], alpha=0.4),
      cex = 0.8, # 调大散点，提升可读性
      decorate = FALSE)

offset <- 0.01
for (sp in levels(peng$species)) {
  xyz <- subset(peng, species == sp)[, 2:4]

# 绘制椭球
  mu <- apply(xyz, 2, mean)
  sigma <- cov(xyz)
  ell <- ellipse3d(sigma, centre = mu, level = 0.68)
  
  sp_idx <- which(levels(peng$species) == sp)
  shade3d(ell, 
          alpha = 0.2, color = colors[sp_idx])

# 添加物种标签
  max <- colMax(xyz)
  max <- max + offset * apply(xyz, 2, diff) # 标签位置偏移，避免重叠
  texts3d(max, adj = 0, text = sp, color = colors[sp_idx], cex = 1.5)
}

额外优化说明 #

1. 补充加载stringr包：原代码用到了该包的函数但未显式加载，避免运行报错。
2. 调整散点和文本大小：原数值过小导致元素模糊，优化后更清晰。
3. 标签位置偏移：避免标签与椭球、散点重叠，提升图表可读性。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者user101089