使用MuMIn包dredge函数报错：找不到glmmTMB函数

对glmmTMB拟合的模型执行dredge操作时，每个模型子集均弹出警告：

In glmmTMB(... : could not find function "glmmTMB"

随后触发错误：

Error in .dredge.par(global.model = m, evaluate = T, rank = "AIC", m.lim = c(0, :
the result is empty

已加载并更新glmmTMB（版本1.1.7）和MuMIn（版本1.47.5）包，未找到同类问题解决方案。

所用代码 #

library(MuMIn)
library(glmmTMB)
library(parallel)

# 创建并行集群
nCores <- detectCores() - 1
clusterType <- if(length(find.package("snow", quiet = TRUE))) "SOCK" else "PSOCK"
clust <- try(makeCluster(getOption("cl.cores", nCores), type = clusterType))

# 拟合全局模型
m <- glmmTMB(Used ~ x1 + x2 + x3 + x4 + x5 + x6 +  
                 x7 + x8 + x1*x2 + (1|group), data = data, 
                 family = binomial)

options(na.action = "na.fail")
dredged43 <- dredge(m, beta = "sd", evaluate = T, rank = "AIC", m.lim = c(0,9),
                    trace = 2, cluster = clust)
options(na.action = "na.omit")

可复现数据 #

set.seed(101)
data <- data.frame(Used = factor(sample(0:1,size=200,replace=T)),
                   x1=factor(sample(0:1,size=200,replace=T)),x2=rnorm(200),x3=rnorm(200),
                   x4=rnorm(200),x5=rnorm(200),x6=rnorm(200),x7=rnorm(200),
                   x8=rnorm(200), group=factor(rep(1:10,each=20)))

解决建议 #

• 为并行集群节点加载必要包：问题核心是并行子进程未加载glmmTMB包，创建集群后需显式给每个节点加载包：

  clust <- try(makeCluster(getOption("cl.cores", nCores), type = clusterType))
  if(!inherits(clust, "try-error")) {
    clusterEvalQ(clust, {
      library(glmmTMB)
      library(MuMIn)
    })
  }
  

• 验证集群创建状态：去掉try语句，避免掩盖集群创建失败的错误，确保集群正常启动后再执行后续操作：

  clust <- makeCluster(getOption("cl.cores", nCores), type = clusterType)
  clusterEvalQ(clust, {
    library(glmmTMB)
    library(MuMIn)
  })
  

• 先关闭并行测试基础功能：如果并行模式仍有问题，先移除cluster参数，用单线程运行dredge，确认模型本身可正常拟合：

  dredged43 <- dredge(m, beta = "sd", evaluate = T, rank = "AIC", m.lim = c(0,9), trace = 2)
  

• 确认模型拟合正常：先单独运行全局模型，检查是否存在拟合错误：

  summary(m)
  

• 重新安装包确保兼容性：重新安装两个包，确保版本匹配且无损坏：

  install.packages("glmmTMB")
  install.packages("MuMIn")
  

内容的提问来源于stack exchange，提问作者jolson