竞争风险分析：ggcuminc图添加P值及修改图例求助

问题背景 #

我正在开展一项评估研究变量与竞争事件间竞争风险的项目，已编写如下代码生成图形：

cuminc(Surv(TIME,STATUS,type="mstate") ~ SEX, BASE) %>%
ggcuminc(outcome = c("1","2")) + xlim(0,90) + ylim(0,0.2) + add_risktable() + scale_x_continuous(breaks = seq(0, 90, by = 10), limits = c(0, 90)) +theme_classic() + theme(legend.position = 'bottom', legend.direction = "horizontal")

已生成对应图形，但在添加信息与格式调整时遇到两个问题：

1. 需要在两条曲线末端分别添加变量名称（死亡、非死亡）及对应P值（0.12、0.25）；
2. 图例中的“1”“2”无法通过outcome参数的rename修改，需替换为“死亡”“非死亡”。

解决方案 #

1. 修改图例标签 #

直接在绘图代码后添加scale_color_discrete()（若曲线为填充样式则用scale_fill_discrete()）指定自定义标签，替代默认的“1”“2”：

cuminc(Surv(TIME,STATUS,type="mstate") ~ SEX, BASE) %>%
ggcuminc(outcome = c("1","2")) + 
  xlim(0,90) + 
  ylim(0,0.2) + 
  add_risktable() + 
  scale_x_continuous(breaks = seq(0, 90, by = 10), limits = c(0, 90)) +
  # 新增：替换图例标签
  scale_color_discrete(labels = c("死亡", "非死亡")) +
  theme_classic() + 
  theme(legend.position = 'bottom', legend.direction = "horizontal")

2. 在曲线末端添加名称与P值 #

先提取竞争风险模型的结果数据，定位每条曲线的末端坐标，再用geom_text()添加自定义文本：

# 保存模型结果
cr_model <- cuminc(Surv(TIME,STATUS,type="mstate") ~ SEX, BASE)

# 提取曲线末端数据并生成文本内容
end_points <- broom::tidy(cr_model) %>%
  filter(outcome %in% c("1","2")) %>%
  group_by(outcome, stratum) %>%
  slice(n()) %>%
  ungroup() %>%
  mutate(label = case_when(
    outcome == "1" ~ paste0("死亡\nP=0.12"),
    outcome == "2" ~ paste0("非死亡\nP=0.25")
  ))

# 绘图并添加末端文本
cr_model %>%
ggcuminc(outcome = c("1","2")) + 
  xlim(0,90) + 
  ylim(0,0.2) + 
  add_risktable() + 
  scale_x_continuous(breaks = seq(0, 90, by = 10), limits = c(0, 90)) +
  scale_color_discrete(labels = c("死亡", "非死亡")) +
  # 新增：添加曲线末端文本
  geom_text(data = end_points, aes(x = time, y = estimate, label = label, color = stratum), 
            hjust = -0.1, vjust = 0.5, size = 3.5) +
  theme_classic() + 
  theme(legend.position = 'bottom', legend.direction = "horizontal")

说明：

• hjust = -0.1 控制文本在曲线末端右侧的偏移量，可根据图形布局调整；
• 若模型无分组（SEX为单组），可去掉stratum相关分组逻辑；
• 若需自动提取P值而非手动输入，可使用cmprsk::competi_test(cr_model)获取结果后整合到label中。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Bruno Avila