我之前也踩过类似的坑，你的配置只差几个关键细节，导致Certs文件夹没被正确打包到安装包中。下面是一步步的解决方案：

1. 精准配置MANIFEST.in #

你当前的recursive-include *太宽泛，且没有明确指向目标目录，容易出现匹配偏差。建议修改为更精准的路径：

recursive-include src/Package/Certs *

如果想一次性包含Package下所有子目录和文件，可以写成：

recursive-include src/Package *

这样MANIFEST.in会明确把指定目录的所有内容纳入源码包。

2. 让子目录被识别为包，或显式指定数据文件 #

find_packages(where='src')只会把包含__init__.py的目录识别为子包。你的Certs文件夹里没有这个文件，所以setup.py不会将它视为Package的一部分。这里有两个处理方案：

• 在Package/Certs目录下创建一个空的__init__.py文件，让它成为合法子包，这样find_packages会自动包含它。
• 或者在setup.py中显式配置package_data，强制包含Certs下的文件（即使它不是标准包）：

setuptools.setup(
    # 保留原有配置
    package_data={
        'Package': ['Certs/*'],
    },
    include_package_data=True,
    zip_safe=False
)

3. 提前验证打包结果 #

不要直接用pip安装测试，先执行以下命令生成源码包：

python setup.py sdist

然后打开生成的dist/myPackage-*.tar.gz压缩包，检查里面是否包含src/Package/Certs目录及对应文件。如果压缩包里有，那pip安装后site-packages里就会出现该目录；如果没有，再回头检查MANIFEST.in和setup.py的配置。

为什么之前的配置没生效？ #

include_package_data=True的作用是告诉setuptools：把MANIFEST.in指定的文件作为已声明包的数据文件包含进去。但如果Certs不在find_packages返回的包列表里，即使MANIFEST.in包含了它，setuptools也不会把它安装到site-packages中。这就是为什么要么给Certs加__init__.py让它成为子包，要么用package_data显式指定的核心原因。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者WIlliam