如何为Seurat对象中的特定子集添加元数据？

我有一个包含RNA、细胞表面蛋白（ADT）分析模块（assays）和元数据的单细胞多组学Seurat对象。已根据感兴趣的ADT水平完成子集划分，需要在原始对象中为这些特定子集添加元数据注释。

无效尝试及报错 #

• 尝试代码：

data[subset] 

报错信息：

Error in as.character.default(x) : 
  no method for coercing this S4 class to a vector

• 尝试代码：

data@assays$ADT[subset]

报错信息：

Error in GetAssayData(object = x)[i, j, ..., drop = FALSE] : 
  invalid or not-yet-implemented 'Matrix' subsetting

• 尝试代码：

data@meta.data[subset] 或 data@meta.data[[subset]]

报错信息：

Error in `[.default`(data@meta.data, subset) : 
  invalid subscript type 'S4'

可行解决方案 #

# 为每个子集添加注释
subset1@meta.data$newLabel <- "subset1"
subset2@meta.data$newLabel <- "subset2"
subset3@meta.data$newLabel <- "subset3"
subset4@meta.data$newLabel <- "subset4"  

# 合并子集元数据的函数
multiannot <- function(x)
{
  CellsName <- NULL
  for(i in 1:length(x))
  {
    CellsNameInt <- subset(x[[i]]@meta.data, select = c("newLabel"))
    if(!is.null(CellsName))
      CellsName <- rbind(CellsName, CellsNameInt) else
        CellsName <- CellsNameInt
  }
  return(CellsName)
}

# 调用函数，传入包含所有子集的向量
metadatanew <- multiannot(c(subset1, subset2, subset3, subset4))

# 将新元数据添加到原始对象
data <- AddMetaData(data, metadatanew)

内容的提问来源于stack exchange，提问作者lostnewbiecoder