如何将fasterq-dump的统计输出重定向至文本文件？

首先明确：fasterq-dump的统计信息默认输出到标准错误(stderr)，而非标准输出(stdout)。你之前的重定向操作大概率只处理了stdout，或是因为管道层级问题没捕获到fasterq-dump的stderr，才导致统计信息跑到终端、log.txt为空。

给你两种可行的处理方式：

方式1：单独捕获fasterq-dump的统计信息（推荐） #

直接把fasterq-dump的stderr追加到log.txt，不影响后续管道的数据流：

fasterq-dump -Z 你的测序编号 2>> log.txt | awk '{
    if (NR % 8 < 5) print > "/dev/fd/3"
    else print > "/dev/fd/4"
}' 3> >(pigz > 1.fq.gz) 4> >(pigz > 2.fq.gz)

解释：

• 2>> log.txt：专门将fasterq-dump输出的统计信息（stderr）追加到log.txt
• awk通过文件描述符3、4分流数据，分别传给pigz生成对应压缩文件，保证测序数据正常处理，不会和统计信息混流

方式2：捕获整个管道的所有错误信息 #

如果想把awk、pigz的错误也一并记录到log.txt，可以用子shell包裹整个命令，统一重定向stderr：

(
fasterq-dump -Z 你的测序编号 | awk '{
    if (NR % 8 < 5) print > "/dev/fd/3"
    else print > "/dev/fd/4"
}' 3> >(pigz > 1.fq.gz) 4> >(pigz > 2.fq.gz)
) 2>> log.txt

验证方法 #

先单独执行测试命令，确认统计信息确实在stderr：

fasterq-dump -Z 你的测序编号 2> test.log

打开test.log如果能看到那三行统计信息，就说明上述方法完全适用。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者gladshire