添加class.source="stan"后Xaringan无法正常渲染Stan代码块的解决方法

问题原因 #

cat引擎的核心功能是将代码写入文件，其语法高亮的参数传递逻辑与普通代码块不同，直接添加class.source="stan"无法正确触发highlight.js的Stan语法高亮规则，导致渲染异常。

解决方案1：分离代码保存与展示逻辑 #

通过两个独立代码块实现：一个仅负责将代码写入文件（不显示），另一个用标准Stan代码块展示内容并实现语法高亮。

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output: xaringan::moon_reader
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# 隐藏的代码保存块（不显示在幻灯片中）
```{cat, engine.opts = list(file = 'code/stan/ex1.stan'), echo = FALSE}
data {
    int<lower=0> N; //number of data
    vector[N] x; //covariates
    vector[N] y; //variates
}

parameters {
  real alpha; //intercept
  real beta; //slope
  real<lower=0> sigma; //scatter
}

model {
  //priors
  alpha ~ normal(0, 10);
  beta ~ normal(0, 10);
  sigma ~ normal(0, 1);
  
  y ~normal(alpha + beta * x, sigma); //likelihood
}

data {
    int<lower=0> N; //number of data
    vector[N] x; //covariates
    vector[N] y; //variates
}

parameters {
  real alpha; //intercept
  real beta; //slope
  real<lower=0> sigma; //scatter
}

model {
  //priors
  alpha ~ normal(0, 10);
  beta ~ normal(0, 10);
  sigma ~ normal(0, 1);
  
  y ~normal(alpha + beta * x, sigma); //likelihood
}

### 解决方案2：用knitr函数保存代码，动态展示
将代码存储为变量，通过`knitr::write_file`写入文件，再在Stan代码块中引用变量，避免重复编写代码。

```yaml
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output: xaringan::moon_reader
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```{r, echo = FALSE}
# 定义Stan代码内容
stan_code <- "data {
    int<lower=0> N; //number of data
    vector[N] x; //covariates
    vector[N] y; //variates
}

parameters {
  real alpha; //intercept
  real beta; //slope
  real<lower=0> sigma; //scatter
}

model {
  //priors
  alpha ~ normal(0, 10);
  beta ~ normal(0, 10);
  sigma ~ normal(0, 1);
  
  y ~normal(alpha + beta * x, sigma); //likelihood
}"

# 保存到指定文件
knitr::write_file(stan_code, "code/stan/ex1.stan")

`r stan_code`

### 说明
两种方案都能同时实现代码保存到文件和Stan语法高亮的需求，方案2避免了代码重复，适合较长的Stan模型代码。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Sinval