gtsummary中tbl_regression输出与绘图的多技术问题咨询

1. 按Beta值升序/降序排列 #

直接通过modify_table_body对表格主体数据按estimate（即Beta值）字段排序即可：

# 按Beta降序排列
sorted_tbl <- tbl_regression(your_logitmfx_model) %>%
  modify_table_body(
    ~ .x %>% arrange(desc(estimate)) # 升序则替换为arrange(estimate)
  )

2. 将标准误(SE)显示在对应Beta值下方 #

使用add_stat函数将标准误插入到Beta值所在行的下方，配合格式函数统一显示风格：

se_below_tbl <- tbl_regression(your_logitmfx_model,
                               estimate_fun = ~ style_sigfig(.x, digits = 3)) %>%
  add_stat(
    fns = ~ style_sigfig(.data$std.error, digits = 3),
    location = "below" # 指定显示在对应估计值下方
  )

3. 自定义显著性星号规则 #

通过modify_fmt_p自定义p值标记规则，同时添加脚注说明规则：

custom_sig_tbl <- tbl_regression(your_logitmfx_model) %>%
  modify_fmt_p(
    pvalue_fun = function(p) {
      dplyr::case_when(
        p < 0.001 ~ "***",
        p < 0.01 ~ "**",
        p < 0.05 ~ "*",
        p < 0.1 ~ "+", # 自定义p<0.1的标记
        TRUE ~ ""
      )
    }
  ) %>%
  modify_footnote(
    all_stat_cols() ~ "显著性标记: p<0.1(+), p<0.05(*), p<0.01(**), p<0.001(***)"
  )

4. 修复参考水平显示异常问题 #

由于logitmfx未被tbl_regression官方支持，需手动指定参考水平并强制显示参考行：

步骤1：拟合模型前设置因子参考水平 #

# 将分类变量转为因子并指定参考水平
your_data$categorical_var <- factor(your_data$categorical_var,
                                    levels = c("reference_level", "level_1", "level_2"))

步骤2：生成表格时强制显示参考行 #

fixed_ref_tbl <- tbl_regression(your_logitmfx_model,
                                show_reference_rows = TRUE, # 强制显示参考行
                                label = list(categorical_var ~ "自定义变量名")) %>%
  modify_table_styling(
    rows = reference_row,
    label = glue::glue("参考水平: {levels(your_data$categorical_var)[1]}") # 自定义参考行标签
  )

步骤3：修复绘图时的参考标签 #

# 绘制表格时手动修正x轴标签
plot(fixed_ref_tbl) +
  ggplot2::scale_x_discrete(
    labels = function(x) {
      ifelse(x == "reference_level", "参考水平", x)
    }
  )

内容的提问来源于stack exchange，提问作者esteban