Python中scipy.stats的somersd函数触发TypeError问题排查

问题场景 #

现有一个名为crosstab的pandas DataFrame交叉表，数据如下：

执行以下代码计算Somers' D时触发TypeError：

from scipy.stats import somersd
somersd(crosstab)

错误信息如下：

TypeError: Invalid call to pythranized function
_concordant_pairs(int64[:, :] (with unsupported column-major
layout))' Candidates are:
- _concordant_pairs(int[:,:])
- _concordant_pairs(float[:,:])

问题根源 #

scipy.stats.somersd依赖的底层函数_concordant_pairs仅支持**行优先（C-order）的数组，而pandas DataFrame默认采用列优先（Fortran-order/column-major）**的数组存储格式，两者格式不匹配导致报错。

解决办法 #

将DataFrame转换为行优先的numpy数组后再传入somersd即可，提供两种实现方式：

方式一：用np.ascontiguousarray转换 #

import numpy as np
from scipy.stats import somersd

# 转换为行优先格式的数组
crosstab_arr = np.ascontiguousarray(crosstab.values)
# 计算Somers' D
somers_result = somersd(crosstab_arr)
print(somers_result)

方式二：用to_numpy()指定行优先 #

from scipy.stats import somersd

# 直接生成行优先数组
crosstab_arr = crosstab.to_numpy(order='C')
# 计算Somers' D
somers_result = somersd(crosstab_arr)
print(somers_result)

内容的提问来源于stack exchange，提问作者dika