如何消除ggplot2+plotly堆叠条形图的分段空白？

我用plotly和ggplot2制作交互式堆叠条形图，分析不同plant_species（X轴）吸引的bee_species（堆叠分类），但堆叠条形里出现了不属于任何蜂种的空白区域，而且图表没统计到Hylaeus modestus。以下是数据清洗、绘图代码，以及筛选Trifolium pratense的部分数据样本：

# 导入库
library(ggplot2)
library(plotly)
library(dplyr)

# 数据清洗
data <- data %>% 
    filter(plant_species != "None", bee_species != "None", nonnative_bee != "null") %>% 
    select(-c("species_num","site","sampling","specialized_on","status"))

native_bee_data <- data %>%
    filter(nonnative_bee == 0) %>%
    group_by(sample_id, plant_species)

nonnative_bee_data <- data %>% 
    filter(nonnative_bee == 1) %>%
    group_by(sample_id, plant_species)

# 可视化各植物吸引的本地蜂种数量
ggplotly(
  ggplot(native_bee_data, aes(x = plant_species, fill = bee_species, stat = "count")) +
    geom_bar(position = "stack") + 
    theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust=1)) +
    guides(fill = guide_legend(title = "Bee Species")) +
    labs(title = "Number of Native Bee Species Attracted to Each Plant Species")
)

数据样本（Trifolium pratense筛选结果） #

• 分组逻辑错误：你按sample_id和plant_species分组，但后续绘图未使用分组统计结果，ggplot的stat="count"会基于原始行计数，但分组后的数据结构会让ggplot保留分组维度，导致部分蜂种在某些分组下计数为0，从而生成空白堆叠区域。
• 未提前聚合数据：直接用原始数据绘图，没有先按plant_species和bee_species统计总数量，当某个蜂种在某株植物的部分样本中无记录时，会被视为0值，产生空白。
• Hylaeus modestus未显示：该蜂种仅在单个样本中出现一次，分组后被分散到sample_id维度下，ggplot计数时可能因分组维度导致其未被正确统计。

提前聚合数据，按plant_species和bee_species统计总数量，再用聚合后的数据绘图，避免分组带来的0值问题：

# 导入库
library(ggplot2)
library(plotly)
library(dplyr)

# 数据清洗
data <- data %>% 
    filter(plant_species != "None", bee_species != "None", nonnative_bee != "null") %>% 
    select(-c("species_num","site","sampling","specialized_on","status"))

# 聚合本地蜂数据：按植物和蜂种统计总数量
native_bee_data <- data %>%
    filter(nonnative_bee == 0) %>%
    group_by(plant_species, bee_species) %>%
    summarise(count = n(), .groups = "drop")  # 聚合后取消分组，避免ggplot继承分组结构

# 绘制交互式堆叠条形图
ggplotly(
  ggplot(native_bee_data, aes(x = plant_species, y = count, fill = bee_species)) +
    geom_col(position = "stack") +  # 用geom_col替代geom_bar，适配预聚合的数值
    theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust=1)) +
    guides(fill = guide_legend(title = "蜂种")) +
    labs(title = "本地蜂种受各植物吸引数量统计", x = "植物种类", y = "蜂种个体数量")
)

关键修改说明 #

1. 替换分组维度：改为按plant_species和bee_species分组，直接统计每个植物-蜂种组合的总个体数。
2. 使用geom_col：替代geom_bar，因为geom_col适用于已有数值变量的场景，避免重复计数。
3. 取消分组：聚合后用.groups = "drop"清除分组结构，防止ggplot继承分组导致的异常。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Levi Banks