Ubuntu 22.04下R包安装路径不可写的解决求助

以下是几种可行的解决方法，按推荐优先级排序：

1. 指定个人可写库目录安装 #

你已经通过.libPaths()确认存在可写的个人库目录，直接在安装命令中指定该路径即可：

# 替换成你的个人可写库路径，比如从.libPaths()输出中获取的第二个路径
BiocManager::install("DESeq2", lib = "~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.3")

或者自动读取当前的个人可写路径：

BiocManager::install("DESeq2", lib = .libPaths()[2])

2. 永久设置默认安装路径到个人目录 #

修改R的配置文件，让所有新包默认安装到你的可写目录，避免每次手动指定：

1. 在终端创建R配置目录（若不存在）：

   mkdir -p ~/.R
   

2. 编辑.Rprofile文件：

   nano ~/.Rprofile
   

3. 添加以下内容，将个人库路径设为默认优先：

   .libPaths(c(.libPaths()[2], .libPaths()[1]))
   

4. 保存退出后，重启RStudio，再执行BiocManager::install("DESeq2")即可自动使用个人目录安装。

3. 跳过系统包更新检查 #

报错原因是系统目录下的包无法更新，而你只需安装新包到个人目录，可直接跳过系统包更新：

BiocManager::install("DESeq2", update = FALSE)

4. 临时使用sudo权限更新系统包（不推荐） #

如果必须更新系统目录下的依赖包，可通过sudo启动R执行安装（可能破坏系统依赖，谨慎使用）：

1. 终端执行：

   sudo R
   

2. 在R会话中执行安装命令：

   BiocManager::install("DESeq2")
   

3. 安装完成后退出sudo的R会话，回到普通用户的RStudio即可。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Deb