如何在R中按位置合并两个文本数据框？

问题背景 #

给定两个结构完全一致的数据框u1和u2，需要将对应位置的单元格内容合并：非空值用;连接，空值则保留为空。

数据框定义 #

u1 <- structure(list(s1 = c("", "", "MO;SP", ""), s2 = c("", "", "", 
""), s3 = c("", "MO;SP", "", "")), row.names = c("g1", "g2", 
"g3", "g4"), class = "data.frame")

u2 <- structure(list(s1 = c("", "", "snv", ""), s2 = c("", "", "", 
""), s3 = c("", "snv", "", "")), row.names = c("g1", "g2", "g3", 
"g4"), class = "data.frame")

原始输出 #

> u1; u2
      s1 s2    s3
g1               
g2          MO;SP
g3 MO;SP         
g4               
    s1 s2  s3
g1           
g2        snv
g3 snv       
g4 

期望结果 #

s1  s2  s3
g1  
g2          MO;SP;snv
g3  MO;SP;snv   
g4  

解决方案 #

方法1：使用mapply实现 #

你猜测的mapply完全可行，核心是对两个数据框的对应列逐元素执行拼接逻辑：

首先定义拼接函数，处理空值和非空值的组合情况：

concat_cells <- function(x, y) {
  if (x == "" && y == "") {
    return("")
  } else if (x == "") {
    return(y)
  } else if (y == "") {
    return(x)
  } else {
    paste(x, y, sep = ";")
  }
}

然后用mapply遍历两个数据框的列，再转换回数据框并修正行、列名：

result <- as.data.frame(mapply(concat_cells, u1, u2), row.names = rownames(u1))
colnames(result) <- colnames(u1)

运行后得到的结果与期望一致：

s1 s2          s3
g1                        
g2                MO;SP;snv
g3 MO;SP;snv               
g4                        

方法2：向量化操作（更高效） #

利用数据框的矩阵特性，直接用向量化逻辑处理，避免循环，适合大尺度数据：

# 转换为矩阵便于向量化操作
m1 <- as.matrix(u1)
m2 <- as.matrix(u2)

# 拼接逻辑：按空值情况分支处理
result_mat <- ifelse(m1 == "" & m2 == "", "", 
                     ifelse(m1 == "", m2, 
                            ifelse(m2 == "", m1, paste(m1, m2, sep = ";"))))

# 转回数据框
result <- as.data.frame(result_mat, row.names = rownames(u1))

方法3：Tidyverse风格（dplyr+purrr） #

如果熟悉tidyverse生态，用purrr::map2逐列处理更符合风格：

library(dplyr)
library(purrr)

# 复用之前定义的concat_cells函数
result <- map2_dfc(u1, u2, concat_cells) %>% 
  `rownames<-`(rownames(u1))

内容的提问来源于stack exchange，提问作者garcesj