在R中如何获取生存分析的累积发病率及其95%置信区间？

一、从拟合结果提取数值信息 #

你可以通过两种方式获取累积发病率（即累积风险）及其95%置信区间，和提取生存率的逻辑一致：

1. 直接从survfit对象提取
   已拟合的fit1对象中内置了累积风险、置信区间上下限的数值，直接调用即可：

# 提取累积发病率（累积风险）值
cum_incidence <- fit1$cumhaz
# 提取95%置信区间下限
ci_lower <- fit1$lower.cumhaz
# 提取95%置信区间上限
ci_upper <- fit1$upper.cumhaz
# 合并为数据框查看完整结果
cbind(time = fit1$time, 累积发病率 = cum_incidence, CI下限 = ci_lower, CI上限 = ci_upper)

2. 用summary()输出指定时间点结果
   如果要像获取生存率那样，输出指定时间点的累积发病率，只需给summary()添加fun="cumhaz"参数：

summary(fit1, times = seq(0, 19) * 56, fun = "cumhaz")

执行后会直接展示对应时间点的累积发病率、标准误以及95%置信区间。

二、关于累积发病率绘图的正确性 #

你使用ggsurvplot(fit1, data=lung, conf.int = TRUE, fun="cumhaz")的做法是完全正确的：

• fun="cumhaz"参数会将生存曲线转换为累积风险曲线（单一事件场景下，累积发病率等于累积风险）；
• conf.int = TRUE会同步绘制累积发病率的95%置信区间，逻辑和生存率置信区间一致。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Robin