在R中更换默认Fortran编译器解决statmod包编译失败问题

问题原因 #

报错as: unrecognized option '--gdwarf-5'是因为当前使用的Homebrew GCC 13.1.0的Fortran编译器，与Ubuntu 18.04.6自带的老旧汇编器不兼容，需要更换为系统兼容的Fortran版本。

解决步骤 #

1. 安装系统兼容的Fortran编译器 #

Ubuntu 18.04默认的gcc/gfortran 7.x版本与系统环境兼容，执行以下命令安装：

sudo apt update
sudo apt install gfortran-7

2. 临时切换R的Fortran编译器（单次生效） #

在R会话中先设置环境变量，再安装statmod：

Sys.setenv(F77 = "/usr/bin/gfortran-7", FC = "/usr/bin/gfortran-7")
install.packages("statmod")

3. 永久设置默认Fortran编译器（可选） #

修改R的配置文件，让每次启动R都自动使用指定编译器：

1. 打开或创建用户级配置文件：

nano ~/.R/Makevars

2. 添加以下内容：

F77 = /usr/bin/gfortran-7
FC = /usr/bin/gfortran-7

3. 保存退出（按Ctrl+O回车确认，Ctrl+X退出），重启R后生效。

4. 验证切换结果 #

在R中执行以下命令，确认编译器已切换：

system("which gfortran")
system("gfortran --version")

输出显示/usr/bin/gfortran-7及对应的7.x版本，即说明切换成功。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者jonny jeep