使用rgbif包occ_search/occ_download时遇HTTP/2流异常求助

出现以下无固定复现规律的错误，难以定位根因：

Error in curl::curl_fetch_memory(x$url$url, handle = x$url$handle) : HTTP/2 stream was not closed cleanly before end of the underlying stream

问题背景 #

通过循环调用occ_search()遍历特定国家的物种列表获取分布数据，小数据集通常可正常运行，但物种列表较长时会触发上述错误；甚至单物种查询也偶发该错误，网络连接稳定时仍会出现问题。确定问题出在本地，但无法定位与修正，相关论坛帖子未提供有效帮助。

示例代码 #

species <- c("Abietinella abietina",  
             "Acaulon casasianum",    
             "Acaulon dertosense",   
             "Acaulon fontiquerianum",
             "Acaulon mediterraneum")
DK <- c(1, 0, 0, 0, 0)
FO <- c(0, 0, 0, 0, 0)
FI <- c(1, 0, 0, 0, 0)
IS <- c(1, 0, 0, 0, 0)
NO <- c(1, 0, 0, 0, 1)

moss_occ <- data.frame(species, DK, FO, FI, IS, NO)
species_occurrences <- list()
for (i in 2:6) {
  country <- colnames(moss_occ)[i]
  occurrence <- occ_search(scientificName = moss_occ$species[which(moss_occ[[i]] == 1)], hasCoordinate = TRUE, 
                           country = colnames(moss_occ)[[i]], limit = 300)
  species_occurrences[[i]] <- occurrence
}

会话信息 #

R version 4.3.0 (2023-04-21)
Platform: aarch64-apple-darwin20 (64-bit)
Running under: macOS Ventura 13.4
attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     
other attached packages:
 [1] lubridate_1.9.2 forcats_1.0.0   stringr_1.5.0   dplyr_1.1.2     purrr_1.0.1     readr_2.1.4    
 [7] tidyr_1.3.0     tibble_3.2.1    ggplot2_3.4.2   tidyverse_2.0.0 rgbif_3.7.7   

可能的原因及解决方法 #

原因分析 #

• 本地curl库的HTTP/2协议兼容性问题：macOS自带的curl可能在持续请求时出现流关闭异常
• 高频请求导致的服务器端流中断：循环调用未加延迟，服务器主动终止流
• rgbif包的curl连接复用机制问题：长连接未正确释放导致流异常

解决方法 #

• 禁用HTTP/2协议：在调用rgbif函数前强制curl使用HTTP/1.1，添加代码：

  options(rgbif_use_http2 = FALSE)
  

  或直接设置curl的handle参数：

  library(curl)
  h <- new_handle()
  handle_setopt(h, http_version = CURL_HTTP_VERSION_1_1)
  # 在occ_search中指定handle
  occurrence <- occ_search(..., handle = h)
  

• 添加请求延迟：在循环中加入Sys.sleep()避免高频请求，比如：

  for (i in 2:6) {
    # 原有查询代码
    Sys.sleep(1) # 每次请求间隔1秒，可根据情况调整
  }
  

• 更新依赖包：重新安装最新版本的curl和rgbif包，修复已知兼容性问题：

  install.packages("curl")
  install.packages("rgbif")
  

• 重启R会话：清空当前会话的连接缓存，避免残留异常连接影响后续请求

内容的提问来源于stack exchange，提问作者TFA