如何在LAMMPS中删除指定坐标的特定原子？

delete_atoms和group命令确实不支持直接通过x/y/z坐标选中原子，但可以通过**区域（region）+组（group）**的组合实现需求，具体两种实用方法如下：

方法1：为每个原子创建极小区域（推荐） #

针对每个已知坐标的原子，创建一个足够小的球形/立方体区域，确保仅目标原子会被包含，再将这些原子归入同一组后删除。

示例代码（假设三个目标原子坐标为(1.0,2.0,3.0)、(4.0,5.0,6.0)、(7.0,8.0,9.0)）：

# 创建三个极小球形区域，半径设为远小于体系原子间距的数值（如0.1）
region delete1 sphere 1.0 2.0 3.0 0.1 units box
region delete2 sphere 4.0 5.0 6.0 0.1 units box
region delete3 sphere 7.0 8.0 9.0 0.1 units box

# 将三个区域内的原子加入同一个组
group to_delete region delete1
group to_delete region delete2 add
group to_delete region delete3 add

# 删除组内所有原子
delete_atoms group to_delete

注意事项：

• 半径值需根据体系原子间距调整，避免误删其他原子；
• 若体系为周期性边界，需先确认目标坐标在盒子范围内，必要时用unwrap命令处理原子坐标。

方法2：自定义变量筛选（适合复杂条件） #

通过自定义变量判断原子坐标是否匹配目标值（考虑浮点精度，用范围判断更稳妥），再通过group的variable选项选中原子。

示例代码：

# 定义变量，判断原子坐标是否在目标值的极小范围内
variable del1 equal (abs(x-1.0)<0.1) && (abs(y-2.0)<0.1) && (abs(z-3.0)<0.1)
variable del2 equal (abs(x-4.0)<0.1) && (abs(y-5.0)<0.1) && (abs(z-6.0)<0.1)
variable del3 equal (abs(x-7.0)<0.1) && (abs(y-8.0)<0.1) && (abs(z-9.0)<0.1)
variable to_del equal ${del1} || ${del2} || ${del3}

# 选中满足条件的原子加入组
group to_delete variable to_del

# 删除原子
delete_atoms group to_delete

注意：不要直接用x==目标值判断，浮点精度问题可能导致筛选失效。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者lzzard