Fastman R包：如何为需高亮的点设置不同的cex参数？

fastman函数本身没有直接提供设置高亮点大小的参数，我们可以通过分两次绘图的方式实现需求：先绘制所有普通位点，再单独绘制高亮的k-mers并设置更大的点尺寸，彻底避免遮挡问题。

步骤1：拆分数据集 #

先把原始数据拆分为普通位点和高亮位点两部分：

# 加载依赖包
if( !require(fastman) ){devtools::install_github('kaustubhad/fastman',build_vignettes = TRUE); library(fastman)} else 
        library(fastman)
library(data.table)

# 读取实际数据（替换为你的文件路径）
leafcd_All <- fread('output2.txt')
highlight_snps <- scan("highlight.txt", what=character())

# 拆分数据：普通位点 + 高亮k-mers
normal_data <- leafcd_All[!rs %in% highlight_snps]
highlight_data <- leafcd_All[rs %in% highlight_snps]

步骤2：分批次绘图 #

先绘制普通位点，再叠加绘制高亮位点（设置更大的点大小）：

# 绘制普通位点，关闭高亮功能
fastman(normal_data, snp = "rs", chr="chr", bp = "ps", p="p_value",
        ylab="-LogP_leaffe_boxcox_All", col = c("darkgreen", "mediumvioletred"), 
        main=NULL, suggestiveline =FALSE, genomewideline=7.73, 
        cex=0.8, cex.lab=0.8, highlight=NULL)

# 叠加绘制高亮k-mers，自定义点大小和颜色
points(
  x = fastman:::getBP(normal_data, chr="chr", bp="ps") + fastman:::getChrOffsets(normal_data, chr="chr")[highlight_data$chr],
  y = -log10(highlight_data$p_value),
  pch = 19,  # 保持与fastman默认一致的点形状
  col = "red",  # 高亮颜色可按需调整
  cex = 1.5  # 设置比普通点更大的尺寸
)

替代方案：修改fastman函数源码 #

如果想让fastman原生支持高亮点大小参数，可以修改函数源代码：

1. 运行fix(fastman)打开函数编辑器
2. 在函数参数列表中添加highlight.cex = 1.2（默认值可自定义）
3. 找到绘制高亮点的代码块，将原有的cex替换为highlight.cex
4. 保存修改后的函数

修改后即可直接通过参数调用：

fastman(leafcd_All, snp = "rs", chr="chr", bp = "ps", p="p_value",
        ylab="-LogP_leaffe_boxcox_All", col = c("darkgreen", "mediumvioletred"), 
        main=NULL, suggestiveline =FALSE, genomewideline=7.73, 
        cex=0.8, cex.lab=0.8, highlight=highlight_snps, highlight.cex=1.5)

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Vinod Kumar