如何避免Snakemake中输入文件更新时重跑无关规则？

直接解决方案：指定目标文件为b #

当你只需要重新生成b而不想触发c的重跑时，无需修改工作流代码，只需在运行Snakemake时明确指定目标为文件b，而非默认执行rule all：

snakemake -s ./test_simple.smk --cores b

这样Snakemake只会处理生成b所需的依赖链（若a已存在，则仅运行rule b），不会处理rule c——因为目标列表中未包含c。

为什么你之前的尝试无效？ #

1. ancient("b")修饰符
   ancient的作用是将标记的文件视为"永远最新"，但仅适用于已存在的旧文件。当你删除b后重新生成它时，新b的修改时间会晚于已存在的c，此时Snakemake仍会判定c的输入（新b）比输出（旧c）更新，因此依然会触发rule c的重跑。

2. --rerun-triggers code参数
   该参数仅在规则代码本身发生变更（比如shell命令、输入输出定义修改）时才触发重跑。而你遇到的场景是输入文件b被重新生成，属于输入文件的时间戳变更，不在该参数的触发范围内，因此rule c仍会因输入更新被执行。

其他可选临时方案 #

• 临时修改rule all：暂时将rule all输入中的'c'移除，运行后再恢复，但灵活性不如指定目标文件。
• 手动更新c的时间戳：运行Snakemake前执行touch c，让c的修改时间晚于即将生成的b，Snakemake会判定c已处于最新状态，不会重跑。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Adam