使用gtsummary时将NA纳入百分比计算但排除在p值检验外可行吗？

要实现NA值纳入百分比统计，但卡方/Fisher检验计算p值时排除NA，可以通过「预处理生成展示用变量+指定检验时的变量过滤规则」来实现，具体步骤如下：

1. 数据预处理 #

先创建一个用于表格展示的变量，将NA替换为"Unknown"；同时保留原始变量用于统计检验：

# 修正原始数据长度不一致问题（原代码color长度比animal少1）
animal <- c("dog", NA, "cat", "bird", "cat", "dog", NA)
color <- c("blue", "red", "blue", "red", "red", "blue", "red")
df <- data.frame(animal = as.character(animal), color = as.character(color))

# 生成展示用变量：将NA替换为"Unknown"
df$animal_display <- df$animal
df$animal_display[is.na(df$animal_display)] <- "Unknown"

2. 生成带p值的汇总表格 #

使用tbl_summary基于展示变量生成包含Unknown的百分比统计，再通过add_p指定检验时排除NA值：

library(gtsummary)

table1 <- 
  tbl_summary(
    df %>% select(animal_display, color),
    by = color,
    label = list(animal_display ~ "Animal")  # 把列名改回原变量名
  ) %>%
  add_p(
    # 针对展示变量，指定用原始animal变量做检验，同时排除NA值
    tests = list(animal_display ~ ~chisq_test(exclude = NA))
  )

table1

关键说明 #

• animal_display用于表格展示，NA被替换为"Unknown"后会被纳入百分比计算；
• add_p中的chisq_test(exclude = NA)会使用原始animal变量，自动排除NA值计算卡方检验的p值；
• 如果需要用Fisher精确检验，只需把chisq_test换成fisher_test即可，同样支持exclude = NA参数。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者alex