如何用readRDS打开ArrayExpress的.rds文件？解决unknown input format报错

• 检查文件完整性
  下载中断会导致文件损坏，重新下载目标文件，确保下载完成无中断。可以对比本地文件大小和官网标注的文件大小，确认文件完整。

• 确认文件实际格式
  若误下载网页而非RDS文件，也会触发该错误：

  • 在R中执行file.info("~/Alveolar.Cellview.Rds")$size，若文件过小（比如几KB），大概率是错误下载了网页。
  • 用文本编辑器打开文件，若看到HTML代码，说明需重新找到正确的下载按钮（避开网页预览链接，选择直接下载数据的选项）。

• 验证文件路径

  • 执行file.exists("~/Alveolar.Cellview.Rds")，返回TRUE才表示路径正确。
  • 若路径包含空格或特殊字符，改用完整绝对路径，例如readRDS("/Users/yourusername/Downloads/Alveolar.Cellview.Rds")（根据实际路径调整）。

• 检查R版本兼容性
  旧版R可能无法读取新版R保存的RDS文件：

  • 用sessionInfo()$R.version$version.string查看当前R版本，若版本较旧，升级到最新稳定版后重试。

• 尝试压缩文件读取方式
  部分RDS文件为压缩格式但未标注.gz后缀，可尝试：

  readRDS(gzfile("~/Alveolar.Cellview.Rds"))
  

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Estevão Barcelos