如何让主Git仓库自动忽略含独立Git仓库的子目录？

错误原因 #

你的.gitignore规则里!*/让所有子目录都被排除在忽略列表外，导致Git会遍历所有子目录。当遇到包含独立.git仓库的目录时，Git会将其识别为未初始化的子模块，从而抛出这个错误。

修复步骤 #

1. 清理Git缓存中的错误子模块条目
   首先把已经被Git错误标记为子模块的目录从缓存中移除：

# 单个目录的情况
git rm --cached some-subdir-project-that-can-be-ignored/

# 批量处理所有嵌套仓库目录（推荐）
find . -name ".git" -type d | grep -v "./.git" | sed 's/\/.git$//' | xargs git rm --cached

这个批量命令会自动找到所有嵌套的.git目录，提取出它们的父目录（即独立仓库的根目录），然后从Git缓存中移除这些目录的记录。

2. 修改.gitignore规则
   更新~/Documents/.gitignore，添加忽略所有嵌套Git仓库的规则，同时保留只追踪.md文件的需求：

# 忽略所有内容
*
# 允许递归遍历子目录，以便找到所有层级的.md文件
!*/
# 追踪所有.md文件
!*.md
# 忽略所有嵌套的Git仓库目录（包括.git文件夹和其所在的父目录）
**/.git

3. 重新应用规则并提交
   执行以下命令让新的.gitignore规则生效，然后提交更改：

git rm -r --cached .
git add -A
git commit -m "Fix gitignore to ignore nested Git repositories and track only md files"

验证 #

完成后，执行git status应该只会显示.md文件的变更，嵌套仓库目录不会再出现在追踪列表或报错信息中。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者LaVache