在R脚本中使用Snakemake变量时出现对象未找到错误

问题背景 #

我编写了如下Snakemake规则deseq2：

rule deseq2:
    input:
        salmon=expand("salmon/{sample}/quant.sf", sample=SAMPLES)
    output:
        xlsx="deseq2/deseq2_diff_trx.xlsx",
        rdata="deseq2/dds.Rdata",
    params:
        map_with,
        genome,
        gtf,
    log:
        "logs/deseq2/deseq2.log"
    conda:
        "envs/deseq2.yml"
    threads: config["resources"]["deseq2"]["cpu"]
    resources: 
        runtime=config["resources"]["deseq2"]["time"]
    script:
        "scripts/deseq2.R"

在对应的R脚本中，使用snakemake@params[[1]]等语句访问参数时无报错，但执行save(dds, snakemake@output[[2]])时，出现错误：

Error in save(dds, snakemake@output[[2]]) : 
  object ‘snakemake@output[[2]]’ not found

打印snakemake变量可见output[[2]]对应路径存在，且调试加载工作区时能正常访问该变量，请问我哪里操作有误？

错误原因与解决方法 #

问题出在save()函数的语法使用上：

• save()函数默认的位置参数是要保存的对象名称，你直接传入路径字符串snakemake@output[[2]]，R会误将其当作对象名去查找，导致报错。
• 正确做法是通过file参数明确指定保存路径。

两种修正方式：

1. 基于索引访问输出的写法：

save(dds, file = snakemake@output[[2]])

2. 基于命名输出的写法（推荐，可读性更强）：
   规则中已经为输出文件命名rdata，可以直接通过命名属性访问，代码更清晰：

save(dds, file = snakemake@output$rdata)

内容的提问来源于stack exchange，提问作者justinian482