远程服务器R Studio中Seurat包安装后加载失败的解决求助

1. 修复Seurat加载失败问题 #

问题原因 #

Seurat依赖的igraph包需要系统底层库libglpk.so.40，但远程服务器未安装该库，导致加载失败。

操作步骤 #

• 以管理员权限（添加sudo）在终端执行对应系统的安装命令：
  • 若使用Debian/Ubuntu系统：

    sudo apt-get update && sudo apt-get install libglpk40
    

  • 若使用CentOS/RHEL系统：

    sudo yum install glpk-devel
    

• 安装完成后回到R环境，重新执行：

  library(Seurat)
  

如果上述操作后仍报错，可尝试重新安装igraph包：

install.packages("igraph", type = "source")

2. 处理sp包的停用提示 #

该提示仅为版本弃用提醒，不影响当前sp包的正常使用。若需迁移至新版工具，可安装sf包替代：

install.packages("sf")

后续逐步将原sp、maptools、rgdal等旧包的代码替换为sf包的写法即可。

补充说明 #

本地笔记本安装Seurat无问题，是因为本地系统已预装相关底层库，或RStudio在安装过程中自动处理了依赖；而远程服务器需手动安装系统级的依赖库。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者fisheryu2022