geom_point()无NA却丢失数据：8个样本点未绘制问题求助

• 检查手动形状映射的完整性
  你用了scale_shape_manual指定每个位点的形状，若有位点未在values参数中定义映射，ggplot会自动丢弃这些行。执行以下代码找出未被映射的位点：

  # 找出所有Catch_Location_Site中未在scale_shape_manual里定义的取值
  setdiff(unique(Comp_Salmon$Catch_Location_Site), names(c("River Sella - Spain"=0, ...)))
  # 把...替换成你实际的shape映射列表
  

  如果结果正好是8个位点，说明问题出在这里，补充对应的形状映射即可。

• 验证误差棒计算是否生成NA
  原始数据无NA，但计算误差棒的上下限时可能意外产生NA（比如SD为负数）。执行以下代码检查：

  Comp_Salmon %>%
    mutate(
      ymin = Mean_D15N - D15N_SD,
      ymax = Mean_D15N + D15N_SD,
      xmin = Mean_D13C - D13C_SD,
      xmax = Mean_D13C + D13C_SD
    ) %>%
    filter(is.na(ymin) | is.na(ymax) | is.na(xmin) | is.na(xmax))
  

  若返回结果包含行，说明这些行的误差棒计算出了问题，修复后即可显示。

• 临时移除手动形状映射测试
  注释掉scale_shape_manual这一行，重新绘图。如果所有位点都能显示，直接证明是手动形状映射遗漏了8个位点的定义。

• 确认数据行未被意外过滤
  检查数据集的总行数是否符合预期：

  nrow(Comp_Salmon)
  

  若行数比预期少，说明之前的代码可能对数据集做了未注意到的筛选操作，回溯数据处理步骤排查。

• 将警告转为错误定位具体行
  执行以下代码把警告强制转为错误，运行绘图代码时会直接报错并定位到具体缺失的行：

  options(warn = 2)
  Mean_Error_Comp_Salmon # 重新运行绘图代码
  

  查看报错对应的行，对比其他缺失行的共性，进一步定位问题。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Liz Quinlan