如何编写代码识别线性化RNA结构中茎环的起止位置？

你的代码当前会捕获每个">"块的第一个">"，但我们需要的是每个">"块的最后一个">"。要解决这个问题，我们需要调整逻辑，等待遍历到">"块的末尾时再记录结束索引。

修正后的代码 #

RNA_SS = "..<<<<...>>>>..<<..>>"  
RNA_seq = "..AAUGCCCCAUU..CCAAGG" 

def id_stem_loops(consensus):
    stem_loops = []
    skip_sym = {".", ",", "-", "~", "_"}  # 用集合提升查找效率
    start_idx = None
    total_length = len(consensus)
    
    for idx, sym in enumerate(consensus):
        if sym in skip_sym:
            continue
        
        # 识别连续"<"块的起始位置
        if sym == "<":
            # 当前是"<"且前一个字符不是"<"，说明是新的"<"块开始
            if idx == 0 or consensus[idx-1] != "<":
                start_idx = idx
        # 识别连续">"块的结束位置
        elif sym == ">":
            # 当前是">"且下一个字符不是">"（或已是最后一个字符），说明是">"块的结尾
            if idx == total_length - 1 or consensus[idx+1] != ">":
                if start_idx is not None:
                    stem_loops.append((start_idx, idx))
                    start_idx = None  # 配对完成后重置起始索引
    
    print(stem_loops)

id_stem_loops(RNA_SS)

关键逻辑调整 #

1. 跟踪"<"块的起始：当遇到连续"<"的第一个字符时，记录其索引作为茎环的起始位置。
2. 等待">"块的结束：只有当遍历到连续">"的最后一个字符时，才将之前记录的起始索引与当前索引配对，加入结果列表。
3. 重置起始索引：每完成一个茎环的配对后，重置起始索引，确保下一个"<"块能正确被捕获。

运行修正后的代码，输出将是期望的 [(2, 12), (15, 20)]。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Kate