rstan/brms采样时致R/RStudio会话终止，求解决方案

我遇到了和Stack Overflow某帖子高度相似的问题：每次rstan或brms启动采样，R就直接崩溃（会话终止）。已经按建议重新安装了rstan及其依赖，但问题依旧，求可行解决办法。

更新1：会话与包信息 #

─ Session info ────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
 setting  value
 version  R version 4.3.1 (2023-06-16)
 os       macOS Ventura 13.4.1
 system   x86_64, darwin20
 ui       RStudio
 language (EN)
 collate  en_US.UTF-8
 ctype    en_US.UTF-8
 tz       Europe/London
 date     2023-06-28
 rstudio  2023.03.0+386 Cherry Blossom (desktop)
 pandoc   2.11 @ /Users/edoardogiuseppeostinelli/opt/anaconda3/bin/pandoc

─ Packages ────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
 package     * version date (UTC) lib source
 cachem        1.0.8   2023-05-01 [1] CRAN (R 4.3.0)
 callr         3.7.3   2022-11-02 [1] CRAN (R 4.3.0)
 cli           3.6.1   2023-03-23 [1] CRAN (R 4.3.0)
 crayon        1.5.2   2022-09-29 [1] CRAN (R 4.3.0)
 devtools      2.4.5   2022-10-11 [1] CRAN (R 4.3.0)
 digest        0.6.32  2023-06-26 [1] CRAN (R 4.3.0)
 ellipsis      0.3.2   2021-04-29 [1] CRAN (R 4.3.0)
 fastmap       1.1.1   2023-02-24 [1] CRAN (R 4.3.0)
 fs            1.6.2   2023-04-25 [1] CRAN (R 4.3.0)
 glue          1.6.2   2022-02-24 [1] CRAN (R 4.3.0)
 htmltools     0.5.5   2023-03-23 [1] CRAN (R 4.3.0)
 htmlwidgets   1.6.2   2023-03-17 [1] CRAN (R 4.3.0)
 httpuv        1.6.11  2023-05-11 [1] CRAN (R 4.3.0)
 later         1.3.1   2023-05-02 [1] CRAN (R 4.3.0)
 lifecycle     1.0.3   2022-10-07 [1] CRAN (R 4.3.0)
 magrittr      2.0.3   2022-03-30 [1] CRAN (R 4.3.0)
 memoise       2.0.1   2021-11-26 [1] CRAN (R 4.3.0)
 mime          0.12    2021-09-28 [1] CRAN (R 4.3.0)
 miniUI        0.1.1.1 2018-05-18 [1] CRAN (R 4.3.0)
 pkgbuild      1.4.2   2023-06-26 [1] CRAN (R 4.3.0)
 pkgload       1.3.2   2022-11-16 [1] CRAN (R 4.3.0)
 prettyunits   1.1.1   2020-01-24 [1] CRAN (R 4.3.0)
 processx      3.8.1   2023-04-18 [1] CRAN (R 4.3.0)
 profvis       0.3.8   2023-05-02 [1] CRAN (R 4.3.0)
 promises      1.2.0.1 2021-02-11 [1] CRAN (R 4.3.0)
 ps            1.7.5   2023-04-18 [1] CRAN (R 4.3.0)
 purrr         1.0.1   2023-01-10 [1] CRAN (R 4.3.0)
 R6            2.5.1   2021-08-19 [1] CRAN (R 4.3.0)
 Rcpp          1.0.10  2023-01-22 [1] CRAN (R 4.3.0)
 remotes       2.4.2   2021-11-30 [1] CRAN (R 4.3.0)
 rlang         1.1.1   2023-04-28 [1] CRAN (R 4.3.0)
 rstudioapi    0.14    2022-08-22 [1] CRAN (R 4.3.0)
 sessioninfo   1.2.2   2021-12-06 [1] CRAN (R 4.3.0)
 shiny         1.7.4   2022-12-15 [1] CRAN (R 4.3.0)
 stringi       1.7.12  2023-01-11 [1] CRAN (R 4.3.0)
 stringr       1.5.0   2022-12-02 [1] CRAN (R 4.3.0)
 urlchecker    1.0.1   2021-11-30 [1] CRAN (R 4.3.0)
 usethis       2.2.1   2023-06-23 [1] CRAN (R 4.3.0)
 vctrs         0.6.3   2023-06-14 [1] CRAN (R 4.3.0)
 xtable        1.8-4   2019-04-21 [1] CRAN (R 4.3.0)

 [1] /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.3-x86_64/Resources/library

可行解决方案 #

1. 配置编译器环境 #

macOS下rstan崩溃多和编译器兼容性相关，先确保安装Xcode命令行工具：

xcode-select --install

创建或修改~/.R/Makevars文件，添加以下内容适配x86_64架构：

CXX14FLAGS=-O3 -march=native -mtune=native
CXX14=g++

2. 禁用并行采样 #

并行采样可能触发架构或资源冲突，先尝试单线程运行：

• brms中设置：

brm(..., chains = 1, cores = 1)

• rstan中设置：

stan(..., chains = 1, cores = 1)

3. 降级Rcpp版本 #

当前Rcpp 1.0.10可能和rstan存在兼容问题，尝试降级到1.0.9：

install.packages("Rcpp", version = "1.0.9")

4. 清理编译缓存并重装rstan #

旧缓存可能损坏，执行以下步骤清理后重装：

remove.packages("rstan")
unlink("~/.R/Makevars", force = TRUE)
unlink("~/.cache/R/stan/", recursive = TRUE)
install.packages("rstan", dependencies = TRUE)

5. 规避Anaconda环境冲突 #

系统中存在Anaconda的pandoc，可能和R环境冲突，可尝试：

• 在纯R环境（不加载Anaconda）中运行
• 临时修改R的PATH优先使用系统工具：

Sys.setenv(PATH = paste("/usr/bin", Sys.getenv("PATH"), sep = ":"))

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Raphus