如何在qsub的-v选项中传递含逗号或换行的变量

问题场景 #

通常我们通过qsub传递环境变量的写法如下：

info="This is some info"
qsub -v INFO=$info script.pbs

但当$info包含逗号时会触发错误：

info="This is some info, and here is some more!"
qsub -v INFO=$info script.pbs

报错信息：

ERROR: -v: variable ' and here is some more!' is not set in environment variables.

即便尝试用INFO="$info"包裹变量，问题依然存在；变量包含换行时也会出现同样错误。另外需要注意，echo -e $info能正常输出内容，仅qsub命令会触发该报错。

解决方法 #

方法1：单引号包裹变量赋值前缀 #

qsub的-v参数会将逗号识别为多变量的分隔符，因此需要让qsub把整个值判定为单个变量。可以用单引号包裹INFO=部分，让$info在单引号外被shell展开：

info="This is some info, and here is some more!"
qsub -v 'INFO='$info script.pbs

这种写法会让qsub将整个内容识别为单个变量赋值，不会把逗号拆分成多个变量。

方法2：通过环境变量文件传递 #

如果变量内容包含换行、大量特殊字符，更稳妥的方式是借助环境变量文件传递：

1. 导出变量并写入临时文件：

info="This is some info, and here is some more!
With a new line!"
export INFO="$info"
env | grep ^INFO= > env_vars.txt

2. 用qsub加载该文件：

qsub -V -@ env_vars.txt script.pbs

-V参数会传递当前环境变量，-@指定加载环境变量文件，能完美兼容复杂内容的传递。

方法3：转义逗号（仅适配逗号场景） #

如果仅需处理逗号问题，可以对逗号进行转义，避免qsub将其识别为分隔符：

info="This is some info\, and here is some more!"
qsub -v INFO=$info script.pbs

但这种方法对换行无效，且多逗号场景需要逐个转义，通用性不如前两种方法。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Bram Vanroy