HPC环境下更新R版本遇installr加载失败，寻求解决方案

方法1：直接从源码编译安装R（最可控） #

HPC系统库版本受限是常见问题，绕开installr直接编译能避免依赖冲突：

• 先查集群里的可用编译器，执行module avail gcc，挑一个版本≥5.0的gcc（高版本gcc自带的libstdc++包含CXXABI_1.3.8）
• 加载选中的gcc模块，比如module load gcc/9.3.0
• 下载目标R版本的源码包（比如R 4.3.3），解压后进入源码目录，执行配置命令（把路径换成你自己的本地目录）：

  ./configure --prefix=$HOME/local/R-4.3.3 --with-readline=no --with-x=no
  make
  make install
  

• 配置环境变量让系统优先用你编译的R，把下面两行加到~/.bashrc或者~/.bash_profile里：

  export PATH=$HOME/local/R-4.3.3/bin:$PATH
  export LD_LIBRARY_PATH=$HOME/local/R-4.3.3/lib:$LD_LIBRARY_PATH
  

方法2：修复libstdc++依赖后用installr #

如果一定要用installr，先解决库版本问题：

• 加载高版本gcc模块（比如module load gcc/8.2.0），因为gcc安装目录里有符合要求的libstdc++
• 临时设置库路径指向该gcc的lib目录：

  export LD_LIBRARY_PATH=$(dirname $(which g++))/../lib64:$LD_LIBRARY_PATH
  

• 再启动R，执行library(installr)尝试加载，之后就可以用installr更新R了

方法3：用集群自带的包管理工具安装（最省心） #

多数HPC用模块管理软件，直接找现成的新版本R：

• 执行module spider R查看所有可用的R版本
• 加载目标版本，比如module load R/4.3.3
• 如果没有你要的版本，直接联系集群管理员帮忙安装，比自己折腾效率高

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Jinggggggg