如何在Sun Grid Engine中指定作业工作目录？

针对你遇到的情况，这里提供几种可行的解决方案，帮你让作业正确找到mydata.txt文件：

方案1：修改脚本，让脚本自行定位文件路径 #

不需要依赖作业的工作目录设置，直接在脚本里用相对脚本位置的路径定位目标文件：

#!/bin/bash
# 获取脚本所在的目录路径
SCRIPT_DIR=$(dirname "$0")
# 用脚本目录拼接sub目录下的mydata.txt路径
tail "${SCRIPT_DIR}/sub/mydata.txt" -n 1 > output.txt

或者让脚本先切换到sub目录再执行命令：

#!/bin/bash
SCRIPT_DIR=$(dirname "$0")
# 切换到sub目录，切换失败则退出脚本
cd "${SCRIPT_DIR}/sub" || exit 1
tail mydata.txt -n 1 > output.txt

这两种方式都能保证不管作业的工作目录是什么，脚本都能找到正确的文件。

方案2：提交作业时直接指定工作目录 #

如果你的作业调度器支持直接指定工作目录（比如Slurm用--chdir参数，其他调度器可能有类似参数），可以在提交命令里直接把工作目录设为main/sub，不用依赖-cwd：
假设你在main目录下提交作业，命令可以写成：

# 示例：替换成你的实际调度命令
sbatch --chdir=./sub myscript.sh

这样作业运行时的工作目录就是main/sub，脚本里的tail mydata.txt就能找到文件。

为什么修改$HOME没用？ #

你尝试的export $HOME=main/sub无效，是因为作业运行在独立的环境中，提交时临时设置的$HOME不会传递到作业的运行环境里。作业默认使用的是服务器上你的用户账号的$HOME目录，不是提交时修改的临时值。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者ivan199415