R语言vegan包NMDS图中用颜色区分物种组报错求助

你的代码报错是因为直接对字符串使用|（逻辑或）运算符，R里这个运算符只能处理逻辑值、数值或复数类型，不能直接拿字符串这么用。

正确的做法是先把要标记的物种存成一个向量，再用%in%判断每个物种是否属于这个目标组，生成对应的逻辑向量后再给颜色参数：

# 定义需要标红的物种列表
target_species <- c(
  "Hylocomiastrum umbratum", "Scapania apiculata", 
  "Neckera pennata", "Crossocalyx hellerianus", 
  "Syzygiella autumnalis", "Lepidozia reptans", 
  "Nowellia curvifolia", "Riccardia latifrons", 
  "Riccardia palmata", "Trichocolea tomentella", 
  "Ulota crispa"
)

# 获取所有物种的名称
species_names <- rownames(scores(ord, display = "species"))

# 绘制物种点，根据是否在目标列表设置颜色
points(
  ord, display = "species",
  col = ifelse(species_names %in% target_species, "red", "black"),
  pch = "*", cex = 0.9
)

关键说明： #

• %in%会逐个检查species_names里的每个物种是否存在于target_species向量中，返回一个和物种数量一致的逻辑向量（符合条件为TRUE，否则FALSE）
• scores(ord, display = "species")用于提取NMDS排序结果中的物种坐标数据，rownames()就能拿到对应的物种名称

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Kristiina Palm