如何从ComplexHeatmap中提取热图显示顺序的列名

使用ComplexHeatmap包绘制热图时，能够通过row_order(ht)成功提取热图中行的显示顺序，但使用colnames(mat.z)[column_order(ht)]提取列的显示顺序时，输出结果为NULL。

出现这个问题的核心原因是：默认情况下ComplexHeatmap未开启列聚类（cluster_columns = FALSE），此时热图不会生成并存储列的排序信息，导致column_order()返回NULL。

针对不同需求，有两种解决方式：

方式1：开启列聚类 #

如果需要对列进行聚类并获取聚类后的显示顺序，只需在绘制热图时显式设置cluster_columns = TRUE：

library(gplots)
library(ComplexHeatmap)
mat=read.table("Matrix.txt", header=T, sep="\t", row.names = 1)
mat.z<-t(apply(mat,1,scale))

# 绘制热图并开启列聚类
ht <- Heatmap(mat.z, cluster_columns = TRUE)
ht <- draw(ht)

# 提取列的显示顺序
colnames(mat.z)[column_order(ht)]

方式2：保留原始列顺序并获取 #

如果不需要聚类，只想保留原始列顺序但仍能通过column_order()获取，可手动指定column_order参数为原始列名：

library(gplots)
library(ComplexHeatmap)
mat=read.table("Matrix.txt", header=T, sep="\t", row.names = 1)
mat.z<-t(apply(mat,1,scale))

# 指定列顺序为原始顺序，关闭聚类
ht <- Heatmap(mat.z, cluster_columns = FALSE, column_order = colnames(mat.z))
ht <- draw(ht)

# 提取列的显示顺序
column_order(ht)

如果仅需要原始列顺序，也可以直接使用colnames(mat.z)，无需调用column_order()。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Angelo