使用R cartogram包绘制连续面积图时出现下标赋值NA错误

问题代码 #

#Create the dataframe
data(wrld_simpl)
world_map4 <- wrld_simpl

news2 <- news %>% 
  group_by(iso_a3) %>% 
  select(iso_a3, Mentions_sum, Goldstein_avg) %>% 
  slice(1) %>% 
  filter(!iso_a3=="NA")

world_map5 <- merge(world_map4, news2, by.x = "ISO3", by.y = "iso_a3", all.x = TRUE, duplicateGeoms=TRUE)
world_map6 <- st_as_sf(world_map5)
world_map7 <- st_transform(world_map6, crs = 23038)

#Draw the map
world_map8 <- world_map7[!is.na(world_map7$Mentions_sum), ]
world_cartogram <- cartogram_cont(world_map8, "Mentions_sum", itermax=7)

错误信息 #

Error in Fij[distance <= radius[j]] <- Fbij[distance <= radius[j]] :  NAs are not allowed in subscripted assignments

排查思路 #

• 检查空间几何有效性：cartogram的计算依赖完整合法的空间几何，执行st_is_valid(world_map8)查看是否存在无效几何，若有则用world_map8 <- st_make_valid(world_map8)修复。无效几何（如自交、缺失）会导致距离计算时产生NA，触发下标赋值错误。
• 更换合适的投影：当前使用的crs=23038是针对中东区域的UTM投影，用于全球地图会引发严重变形，导致空间计算异常。建议替换为全球等面积投影，比如：

  world_map7 <- st_transform(world_map6, crs = 6933) # WGS 84 / NSIDC EASE-Grid 2.0 Global
  

• 检查变量数值特性：
  • 确认Mentions_sum是否存在0值，cartogram_cont对0值处理可能出错，可替换为极小值（如world_map8$Mentions_sum[world_map8$Mentions_sum == 0] <- 1e-5）。
  • 若数值差异过大，尝试对数转换（world_map8$Mentions_log <- log(world_map8$Mentions_sum + 1)）后用转换后的变量绘制cartogram。
• 降低迭代次数：先将itermax设为3或5，排除迭代过程中累积误差导致的NA问题。
• 去除重复几何：merge时启用了duplicateGeoms=TRUE，可能产生重复几何对象引发冲突，执行world_map8 <- dplyr::distinct(world_map8, ISO3, .keep_all = TRUE)去重后再尝试。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者johannes