如何用fantaxtic按丰度过滤分类群并绘制嵌套分类柱状图？

核心结论 #

完全可行。fantaxtic支持按丰度筛选分类群，且能实现门级展示+下属属级（丰度>2%）、其余归为Others的需求。你提到的get_top_taxa确实已被弃用，需用替代方法实现筛选。

实现步骤 #

1. 丰度筛选与分类群合并 #

从属级数据中筛选丰度>2%的类群，剩余属归到对应门的"Others"类别，可通过自定义逻辑处理：

# 假设你的phyloseq对象为glom_genus（属级聚合后的数据）
# 转换为相对丰度（百分比）
glom_genus_rel <- transform_sample_counts(glom_genus, function(x) x/sum(x)*100)

# 计算每个属的总相对丰度，筛选丰度>2%的属
taxa_abund <- taxa_sums(glom_genus_rel)
top_genera <- names(taxa_abund[taxa_abund > 2])

# 构建新分类表：丰度达标属保留原名，其余替换为「门名_Others」
new_tax <- tax_table(glom_genus_rel)
new_tax[, "Genus"] <- ifelse(rownames(new_tax) %in% top_genera, 
                             new_tax[, "Genus"], 
                             paste0(new_tax[, "Phylum"], "_Others"))

# 更新phyloseq对象的分类信息
tax_table(glom_genus_rel) <- new_tax

2. 绘制层级柱状图 #

使用plot_taxa_abundance函数，指定门和属的层级关系即可：

library(fantaxtic)

plot_taxa_abundance(glom_genus_rel,
                    tax_levels = c("Phylum", "Genus"),  # 设定展示层级：门→属
                    fill_by = "Genus",  # 按属填充颜色区分
                    relative_abundance = TRUE)  # 确保展示相对丰度

3. 弃用函数的替代方案 #

原get_top_taxa已被taxa_top替代，若需按累积丰度筛选类群，可使用：

# 筛选累积丰度占98%的类群（对应原代码逻辑）
top_taxa <- taxa_top(glom_genus_rel, 0.98)

但针对你的2%阈值需求，直接用第一步的自定义筛选逻辑更贴合。

注意事项 #

• 若需按样本平均丰度筛选，将taxa_sums替换为rowMeans(otu_table(glom_genus_rel))即可。
• 给Others绑定门名（如Proteobacteria_Others），可避免不同门的Others混淆。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者user1892205