如何在Python中导入SDF文件？导入遇文件错误问题求助

我是编程新手，这是我首次提问，还请见谅。我尝试从ChemBL导入化合物列表，以实现网格展示与分类，但每次导入SDF文件时均提示“Bad input file”错误。我已尝试使用文件路径和文件名，但问题依旧，无法定位错误。请问是否需要逐个处理每个化合物的.sdf文件再进行打印？

相关代码 #

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem
sd_supplier = Chem.SDMolSupplier(r'C:\Users\abc\Downloads\DOWNLOAD-kFj-7sO59mDkb3HHrtKd0_C9Qh8SCpVsEFJstjEfSUw=\DOWNLOAD-kFj-7sO59mDkb3HHrtKd0_C9Qh8SCpVsEFJstjEfSUw=.sdf')
for mol in sd_supplier:
    name = mol.GetProp('Name')
    smiles = Chem.MolToSmiles(mol)
    print(f'Molecule: {name}')
    print(f'SMILES: {smiles}')

错误信息 #

OSError                                   Traceback (most recent call last)
<ipython-input-33-a625f28bcf9e> in <cell line: 2>()
---->3 sd_supplier = Chem.SDMolSupplier(r'C:\Users\abc\Downloads\DOWNLOAD-kFj-7sO59mDkb3HHrtKd0_C9Qh8SCpVsEFJstjEfSUw=\DOWNLOAD-kFj-7sO59mDkb3HHrtKd0_C9Qh8SCpVsEFJstjEfSUw=.sdf')

OSError: File error: Bad input file C:\Users\abc\Downloads\DOWNLOAD-kFj-7sO59mDkb3HHrtKd0_C9Qh8SCpVsEFJstjEfSUw=\DOWNLOAD-kFj-7sO59mDkb3HHrtKd0_C9Qh8SCpVsEFJstjEfSUw=.sdf

（*该行每次都会抛出错误，我尝试过使用实际文件名和文件路径，但均无效。）

不需要逐个处理单个化合物的SDF文件，RDKit的SDMolSupplier本身支持批量读取多分子SDF。问题大概率出在文件路径或文件本身，按以下步骤排查：

• 验证文件路径

  1. 复制路径到文件资源管理器，确认文件真实存在，检查长文件名、特殊字符是否被系统截断或转义
  2. 将SDF文件移到更简单的路径下（比如C:\temp\test.sdf），降低路径复杂度
  3. 确保路径末尾是文件名，避免以反斜杠结尾

• 检查SDF文件有效性

  1. 用文本编辑器打开文件，确认格式正常：每个分子块以$$$$分隔，没有乱码或损坏内容
  2. 重新从ChemBL导出SDF文件，或用RDKit自带工具修复损坏的文件
  3. 先导出少量化合物测试，排除大文件读取异常

• 添加代码容错
  即使路径正确，个别分子可能存在格式问题，修改代码增加判断：

  from rdkit import Chem
  sd_supplier = Chem.SDMolSupplier(r'C:\Users\abc\Downloads\your_file.sdf')
  for idx, mol in enumerate(sd_supplier):
      if mol is None:
          print(f'第{idx+1}个分子读取失败，跳过')
          continue
      try:
          name = mol.GetProp('Name')
      except KeyError:
          name = f'Unknown_{idx+1}'
      smiles = Chem.MolToSmiles(mol)
      print(f'Molecule: {name}')
      print(f'SMILES: {smiles}')
  

内容的提问来源于stack exchange，提问作者akhil jumde