弦图不完整轴线补全及circlize参数控制技术问询

让链接对接对象的轴线保持完整 #

有两种实用方法可以实现：

1. 分层绘制轴线与链接
   先单独绘制完整的环形轴线（每个类别的条带），再绘制弦链接，确保轴线不会被覆盖或截断。示例代码：

   library(circlize)
   # 构造迁移矩阵数据
   mig_mat = matrix(c(20, 15, 8, 5, 12, 25, 10, 7, 9, 11, 30, 6, 4, 6, 5, 18), 
                    nrow = 4, dimnames = list(c("东南亚", "欧洲", "西亚", "其他"), 
                                             c("东南亚", "欧洲", "西亚", "其他")))
   
   # 设置环形参数
   circos.par(gap.degree = 12, start.degree = 90)
   # 第一步：绘制完整的轴线（仅保留网格层）
   chordDiagram(mig_mat, annotationTrack = "grid", grid.col = c("#FF9999", "#66CCFF", "#99FF99", "#FFCC66"), 
                grid.border = "black", annotationTrackHeight = c(0.05, 0))
   # 第二步：仅绘制弦链接，不重复绘制轴线
   chordDiagram(mig_mat, annotationTrack = NULL, link.col = rgb(0.3, 0.3, 0.3, 0.4), transparency = 0.6)
   # 清理环形绘图环境
   circos.clear()
   

   这种分层绘制方式让完整轴线作为底层，链接覆盖在上方，轴线的完整轮廓（含边框）始终可见。

2. 调整链接显示参数
   通过chordDiagram()的参数优化显示效果，强化轴线完整性：

   • 设置grid.border = "black"：给轴线添加边框，即使被链接覆盖，边框也能标识轴线的完整范围；
   • 调整link.transparency：降低链接不透明度，让下方的完整轴线清晰可见；
   • 设置link.largest.ontop = FALSE：避免大链接完全遮挡轴线。

在链接对接前截断轴线 #

如果需要让轴线在链接起点处截断，而非延伸至总数值最大值，可通过手动控制轴线长度和链接位置实现：

library(circlize)
mig_mat = matrix(c(20, 15, 8, 5, 12, 25, 10, 7, 9, 11, 30, 6, 4, 6, 5, 18), 
                 nrow = 4, dimnames = list(c("东南亚", "欧洲", "西亚", "其他"), 
                                          c("东南亚", "欧洲", "西亚", "其他")))

# 计算每个类别的总数值（输入+输出）
total_vals = rowSums(mig_mat) + colSums(mig_mat) - diag(mig_mat)
# 构造截断后的轴线长度（此处以总数值减去输出值为例，可按需调整截断逻辑）
truncated_vals = total_vals - rowSums(mig_mat)

# 初始化环形绘图
circos.par(gap.degree = 12)
circos.initialize(factors = names(truncated_vals), x = truncated_vals)
# 绘制截断后的轴线
circos.trackPlotRegion(factors = names(truncated_vals), ylim = c(0, 1), 
                       bg.col = c("#FF9999", "#66CCFF", "#99FF99", "#FFCC66"), 
                       bg.border = "black")
# 手动绘制弦链接（示例：东南亚到欧洲）
circos.link("东南亚", truncated_vals["东南亚"], "欧洲", truncated_vals["欧洲"], 
            col = rgb(0.3, 0.3, 0.3, 0.4))
# 其余链接可按此逻辑逐一添加
circos.clear()

这种方式完全自定义轴线长度和链接起始位置，精准实现截断效果。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者gnuser23