如何在ggplot2中为不同分面单独控制并扩大Y轴范围

用ggpubr绘制带组间t检验p值标签的分面散点图时，顶部的p值标签总是显示不全。试了用ylim(0, max(data$values)+5)扩展Y轴，但R用的是全局最大值，不是每个分面自己的子集最大值，结果根本不符合预期。想解决：

• 怎么给不同分面单独调Y轴范围？
• 为啥分面不会自动用对应子集的最大值来适配标签？
• 怎么给分面传对应子集的数值来调整轴范围？

示例代码：

library(ggplot2)
library(ggpubr)
set.seed(42)

data <- data.frame(category = c("green", "red", "blue", "yellow"), 
                  type = sample(LETTERS[1:4], 100, replace = T),
                  values = c(1, 2, 50, 5) * runif(100))

ggplot(data, aes(x = type, y = values, color = type)) +
 geom_point(size = 3) +
 stat_compare_means(method = "t.test", aes(label = ..p.value..), size = 5, 
                    comparisons = list(c("A" , "C"), c("A" , "D"))) +
 facet_wrap( ~ category, scales = "free_y")

1. 给每个分面单独设Y轴范围 #

方法一：用ggh4x包（最方便） #

ggh4x的facetted_pos_scales能给每个分面单独设置轴范围，步骤如下：

library(ggh4x)
library(dplyr)

# 先算每个category的values最大值，再加个偏移量（比如最大值的15%，根据标签大小调整）
y_limits <- data %>%
  group_by(category) %>%
  summarise(ymax = max(values) + max(values)*0.15)

# 把每个分面的Y轴设置做成列表
scale_list <- set_names(map(y_limits$ymax, ~ scale_y_continuous(limits = c(0, .x))), y_limits$category)

# 绘图时调用这个列表
ggplot(data, aes(x = type, y = values, color = type)) +
  geom_point(size = 3) +
  stat_compare_means(method = "t.test", aes(label = ..p.value..), size = 5, 
                     comparisons = list(c("A" , "C"), c("A" , "D"))) +
  facet_wrap( ~ category, scales = "free_y") +
  facetted_pos_scales(y = scale_list)

方法二：微调标签位置（应急用） #

如果不想装新包，可以试试调整标签的垂直位置，但如果标签太大还是会溢出，不如扩轴靠谱：

stat_compare_means(method = "t.test", aes(label = ..p.value..), size = 5, 
                   comparisons = list(c("A" , "C"), c("A" , "D")),
                   vjust = -0.5) # 把标签往上挪一点

2. 为啥分面不会自动适配标签？ #

ggplot2的facet_wrap(scales = "free_y")只会根据你原始数据里的values列范围设置Y轴，而stat_compare_means生成的标签是绘图时额外计算出来的，不在原始数据的数值范围内，所以默认不会被纳入轴范围的计算逻辑里。

3. 给分面传子集数值的方法 #

用dplyr分组计算每个分面的关键数值就行，比如：

library(dplyr)

data_adjusted <- data %>%
  group_by(category) %>%
  mutate(group_max = max(values),
         y_upper = group_max + group_max*0.15) %>% # 算出每个分面需要的Y轴上限
  ungroup()

算出的y_upper就能用来给每个分面设置Y轴范围，就像方法一里的y_limits数据框那样使用。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Eugene