使用ggplot2与ggforce绘制采样示意图的技术问题求助

一、调整geom_mark_rect参数解决问题 #

针对包围盒不贴合、窄图重叠的问题，直接修改geom_mark_rect的参数就能快速优化：

• 缩小expand值至0.01，减少额外留白
• 设置radius=0去掉圆角，避免不必要的空间占用
• 明确分组映射，确保每个点组的包围盒单独计算
• 关闭自动缓冲（buffer=0），让盒子紧贴点集

修改后的代码片段：

geom_mark_rect(
  aes(group = interaction(Time, chart_num, Location)),
  expand = 0.01,
  radius = 0,
  buffer = 0
)

二、手动绘制矩形（更精准可控） #

如果geom_mark_rect仍达不到预期，直接手动计算每个分组的边界，用geom_rect绘制，完全自定义大小：

步骤1：提前计算分组边界 #

先对数据按Location、chart_num、Time分组，计算x和y的极值并小幅扩展：

library(dplyr)

rect_data <- data_forchart %>%
  group_by(Location, chart_num, Time) %>%
  summarise(
    xmin = min(Time) - 0.05,
    xmax = max(Time) + 0.05,
    ymin = as.numeric(chart_num) - 0.1,
    ymax = as.numeric(chart_num) + 0.1,
    .groups = "drop"
  )

步骤2：替换geom_mark_rect为geom_rect #

把原代码里的geom_mark_rect换成geom_rect，使用计算好的边界数据：

sample_schema <- ggplot() +
  # 先画矩形（避免覆盖点）
  geom_rect(
    data = rect_data,
    aes(xmin = xmin, xmax = xmax, ymin = ymin, ymax = ymax, fill = Time),
    alpha = 0.2  # 调整透明度避免遮挡点
  ) +
  # 再画散点
  geom_beeswarm(
    data = data_forchart,
    aes(x = Time, y = chart_num, shape = Location, color = Time),
    cex = 2, size = 3
  ) +
  # 后续样式设置保持不变
  scale_shape_manual(values = c(15, 17, 16)) + 
  viridis::scale_color_viridis(discrete=TRUE, begin = 0, end = .97, direction = -1) +
  viridis::scale_fill_viridis(discrete=TRUE, begin = 0, end = .97, direction = -1) +
  facet_grid(Location ~., scales = "free_y", space = "free_y", switch = "y", labeller = labeller(Location = facet.labs)) +
  theme_void(base_size = 16) + 
  theme(legend.position = "none") +
  theme(strip.text.y.left = element_text(angle = 0, hjust = 1, vjust = .9))

这种方法完全可控，无论绘图宽度多窄，都不会出现重叠，且能精准贴合点集。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者user21177283