如何将PyDESeq2的DeseqStats对象转换为Pandas DataFrame？

你之前的代码报错是因为PyDESeq2的DeseqStats对象没有tables属性——那套通过HTML中转的方法是R语言DESeq2的常用技巧，但PyDESeq2作为Python实现，有自己的原生API来直接获取DataFrame，不用绕弯。

正确的转换方法 #

1. 获取核心差异分析结果表

DeseqStats对象自带results_df属性，直接就能拿到标准的差异分析结果DataFrame，包含baseMean、log2FoldChange、pvalue、padj等所有关键列：

results_df = stat_res.results_df

2. 生成汇总统计表格（类似R中summary()的输出）

如果需要上调/下调基因数这类汇总信息，无需依赖不存在的tables属性，直接基于results_df计算即可：

# 自定义筛选阈值（可根据需求调整）
padj_threshold = 0.05
l2fc_threshold = 1

# 计算各类基因数量
up_count = len(results_df[(results_df['padj'] < padj_threshold) & (results_df['log2FoldChange'] > l2fc_threshold)])
down_count = len(results_df[(results_df['padj'] < padj_threshold) & (results_df['log2FoldChange'] < -l2fc_threshold)])
total_tested = len(results_df)

# 组装成汇总DataFrame
summary_df = pd.DataFrame({
    '上调基因数': [up_count],
    '下调基因数': [down_count],
    '总测试基因数': [total_tested]
})

为什么之前的代码会报错 #

你用的HTML转换逻辑是R语言中处理DESeq2结果的方式，但PyDESeq2的API设计和R版本完全不同，DeseqStats对象并没有tables这个属性，因此触发了AttributeError。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者alexis