如何为PubMed/Entrez ESearch API添加文献类型等筛选条件？

你遇到的问题是因为PubMed网页端的筛选参数格式和API端不兼容，网页里的pubt.meta-analysis不能直接放到API的filter参数里，得用API要求的格式来实现筛选。下面给你两种可行的解决方法：

方法一：在检索词中直接加入限定符 #

PubMed检索语法支持在query里通过[限定符]指定筛选条件，比如文献类型用[pt]（publication type的缩写），物种用[MeSH Terms]或[Species]。

比如要筛选和cancer相关的meta分析，把query改成：

query = "cancer AND meta-analysis[pt]"

如果要筛选人类相关文献，可写成：

query = "cancer AND human[MeSH Terms]"

修改后的完整代码：

import requests
import json

db = 'pubmed'
domain = 'https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils'  
# 加入meta分析的限定符
query = "cancer AND meta-analysis[pt]"
retmode='json'

queryLinkSearch = f'{domain}/esearch.fcgi?db={db}&retmode={retmode}&term={query}&sort=relevance'  
response = requests.get(queryLinkSearch)
pubmedJson = response.json()

print(pubmedJson)

方法二：使用API的filter参数 #

API的filter参数格式是键:值，而非网页里的键.值。比如文献类型的键是pubt，对应meta分析的值是meta-analysis，参数要写成&filter=pubt:meta-analysis。

筛选meta分析的完整请求链接示例：

queryLinkSearch = f'{domain}/esearch.fcgi?db={db}&retmode={retmode}&term={query}&sort=relevance&filter=pubt:meta-analysis'

如果要筛选人类物种，filter参数可写成&filter=species:human。

常用筛选参考 #

• 临床试验：clinical trial[pt]（query方式）或filter=pubt:clinical-trial（API filter方式）
• 综述：review[pt]或filter=pubt:review
• 小鼠物种：mouse[MeSH Terms]或filter=species:mouse

内容的提问来源于stack exchange，提问作者kaotech