ImageJ中getHistogram函数输出与直方图List显示不一致问题排查

问题出在活动窗口的切换：你执行run("Histogram")后，直方图窗口会成为当前活动窗口，此时调用getHistogram，函数会返回直方图窗口的分箱统计数据（而非你处理后的二值图像的像素计数），这就是数值异常的原因。

解决方法有两种：

方法1：移除不必要的直方图窗口调用 #

你不需要打开直方图窗口就能获取图像的直方图数据，直接在处理完图像后调用getHistogram即可：

compiledDataFile=File.open("C:/test/testfile.txt");

open("C:/Users/dnewman/OneDrive - Innovative Micro Technology/Pictures/white and black.jpg");
run("8-bit");
setAutoThreshold("Default dark no-reset");
run("Threshold...");
setThreshold(0, 150);
run("Convert to Mask");
// 移除run("Histogram")，直接获取图像直方图
getHistogram(values, counts, 256);

Array.print(counts)

方法2：重新激活原图像窗口（若需保留直方图窗口） #

如果必须打开直方图窗口，在调用getHistogram前手动切换回原图像窗口（注意替换成你的图像实际标题）：

compiledDataFile=File.open("C:/test/testfile.txt");

open("C:/Users/dnewman/OneDrive - Innovative Micro Technology/Pictures/white and black.jpg");
run("8-bit");
setAutoThreshold("Default dark no-reset");
run("Threshold...");
setThreshold(0, 150);
run("Convert to Mask");
run("Histogram");
// 重新激活原图像窗口
selectWindow("white and black.jpg");
getHistogram(values, counts, 256);

Array.print(counts)

修改后，counts数组会返回正确的像素计数：counts[0]=249600，counts[255]=400，与直方图窗口List按钮显示的结果一致。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者David Newman