R语言vegan包metaMDS绘制NMDS图：10样本仅显示7点的原因咨询

问题描述 #

在R语言中使用vegan包的metaMDS函数绘制NMDS图，原始数据包含10个样本，但生成的图中仅显示7个点，代码未发现明显问题，需排查原因。

运行代码 #

beta_gene <- read.table("normalized_gene_counts_CvsM_3.csv", check.names = F, header = TRUE, sep = ",", row.names = 1)
beta_gene <- t(beta_gene)
beta.env <- read.table("EO_meta_CvsM_3.csv", header = TRUE, sep = ",")
data_gene_dist <- vegdist(beta_gene, method = "bray")

# NMDS ordination
beta_gene_ord <- metaMDS(data_gene_dist, distance = "bray")
plot(beta_gene_ord, type="none")
colall <- c(5,6)
points(beta_gene_ord, display = "sites", pch=20, col=colall[as.numeric(as.factor(beta.env$Treatment))])

可能的原因及排查步骤 #

• 样本名不匹配：检查转置后的beta_gene（行是样本）与beta.env的样本ID是否完全对应。可通过all(rownames(beta_gene) %in% beta.env$样本ID列名)验证（替换为实际存储样本ID的列名），若不匹配，后续绘图时会因索引错误丢失样本点。
• 零方差样本被自动剔除：若某个样本的所有基因计数完全一致（方差为0），vegdist计算距离会出问题，metaMDS会自动剔除这类样本。用apply(beta_gene, 1, var)查看每行样本的方差，筛选方差为0的样本。
• 距离矩阵存在缺失值：极端情况下（如样本间无共有特征），vegdist会生成NA值，metaMDS默认剔除含NA的样本。用any(is.na(data_gene_dist))检查距离矩阵，若存在NA，需对应查看样本的特征分布。
• 重复样本被合并：metaMDS默认会移除与其他样本距离完全为0的重复样本（即特征完全相同的样本）。查看nrow(beta_gene_ord$points)确认参与排序的样本数，对比原始10个样本，判断是否有重复样本被合并。
• 绘图索引不匹配：检查colall[as.numeric(as.factor(beta.env$Treatment))]的长度是否与beta_gene_ord$points的行数一致，若长度不匹配，会导致部分样本点因无对应配色无法绘制。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Sudipta Talukder